Ústavní soud došel k závěru, že pořádkové pokuty v právním řádu České republiky takovou sankci za deliktní jednání podle čl. 6 odst. 1 Úmluvy představují. Jsou stanoveny zákonem a zamýšleny jako preventivní a současně represivní opatření veřejné moci. Jejich výši (až do 500 000 Kč opakovaně) je proto třeba srovnat s povahou trestných činů, za které je možno rovněž uložit peněžitý trest. Takových trestných činů zná náš trestní zákon desítky a souvisejí s problematikou vedení určitých právních procesů a kontrol (jako blízké povahou např. § 124a až 124c, § 125, 129, 145a, 148a, 169b, 171, 175, 176, 255, 257a trestního zákona). Podle § 53 trestního zákona spočívá peněžitý trest v povinnosti zaplatit státu od 2 tisíc do 5 miliónů Kč. Právo na spravedlivý proces je v jejich případě zaručeno.
Jestliže tedy u těchto trestných činů je sankce v podobě peněžitého trestu (často nižší než pořádková pokuta) v režimu čl. 6 odst. 1 Úmluvy, není rozumný důvod, proč by tomu nemělo být v případě pořádkových pokut, u kterých se často ani nevyžaduje zavinění (nikoli však v případě § 28 odst. 1 zákona č. 166/1993 Sb.). Totéž se týká i přestupků, za které lze uložit jako sankci pokutu, která je podle § 83 zákona o přestupcích přezkoumatelná soudem, pokud převyšuje částku 2 000 Kč. Zde jen mimochodem Ústavní soud poznamenává, že každá sankce za přestupek je v režimu čl. 6 odst. 1 Úmluvy (srov. Case of Lauko v. Slovakia. European Court of Human Rights 4/1998/907/1119 z 2. 9. 1998 a Case of Kadubec v. Slovakia. European Court of Human Rights 5/1998/908/1120 z 2. 9. 1998), i když pokuta nedosáhne uvedené výše. To platí bez ohledu na skutečnost, že za přestupek nelze stanovit trest odnětí svobody a trest není veden ve zvláštním rejstříku. Takový postup proto nesplňuje požadavek přiměřenosti zásahu orgánu veřejné moci jako součásti pojmu právního státu podle čl. 1 Ústavy.
Ústavní soud tak došel k závěru, že ustanovení § 248 odst. 2 písm. e) o. s. ř. ve slovech „včetně rozhodnutí o pořádkových pokutách“ není v souladu s čl. 6 odst. 1 Úmluvy ve spojení s čl. 1 a 4 Ústavy, čl. 1, čl. 36 odst. 1 a 2 Listiny.
Odepření soudní ochrany ve věcech přezkumu rozhodnutí orgánů veřejné správy je možné v případě, že tak stanoví zákon. Není to však možné v případě, že se jedná o rozhodnutí, která se týkají základních práv a svobod podle Listiny, Ústavy a mezinárodních úmluv podle čl. 10 Ústavy. Jakýkoli jiný postup je v rozporu s čl. 36 odst. 2 Listiny a čl. 4 Ústavy. Každá fyzická i právnická osoba má v České republice ústavně zaručeno právo na spravedlivý proces podle čl. 6 odst. 1 Úmluvy.
V případě rozhodnutí o pořádkových pokutách však toto právo § 248 odst. 2 písm. e) o. s. ř. nezaručuje, neboť je jím odňato právo nechat přezkoumat rozhodnutí orgánu veřejné správy nezávislým a nestranným soudem. Tento požadavek nezaručuje poskytnutí práva na jinou ochranu v podobě odvolání k vyšší správní instanci, v daném případě v podobě rozkladu k prezidentu NKÚ. Prezident NKÚ ovšem nesplňuje požadavky čl. 36 odst. 1 Listiny, čl. 6 odst. 1 Úmluvy a čl. 14 odst. 1 Paktu, byť na rozdíl od správních orgánů není přímo jmenován vládou nebo vyšším správním orgánem. V dané věci nemůže splňovat především požadavek nestranného orgánu, když jako takový nemůže být nikdy chápán navrhovatelem. Ani ústavní definice NKÚ jako nezávislého orgánu (čl. 97 Ústavy) nezaručuje naplnění čl. 81 Ústavy, čl. 36 odst. 1 Listiny a čl. 6 odst. 1 Úmluvy, neboť se týká kontrolní činnosti NKÚ ve vztahu k výkonným orgánům, nikoli ukládání pořádkových pokut, kde NKÚ nepostupuje jako nezávislý tribunál, nýbrž jako správní úřad.
Tento postup současně nezaručuje rovnost v právech stejně dotčených subjektů ústavně zaručených práv a svobod podle čl. 1 Listiny. Je též v rozporu se zásadou přiměřenosti zásahu orgánu veřejné moci, jak plyne z čl. 1 Ústavy, který požaduje, aby veřejná moc v České republice vystupovala podle pravidel právního státu. Mezi tato pravidla patří rovněž zásada přiměřenosti zásahu, pravidlo racionální zdůvodnitelnosti zásahu (zákaz svévole) a zákaz nadbytečného použití jinak racionálně zvolených nástrojů regulace. Protože již v tomto bodě bylo z výše uvedených důvodů shledáno porušení ústavních předpisů, Ústavní soud se již dalšími důvody nezabýval, neboť to nebylo ani z hlediska možné budoucí právní úpravy potřebné, když jediným řešením je zrušení této části § 248 odst. 2 písm. e) o. s. ř. a umožnění soudní kontroly rozhodnutí o pořádkových pokutách vydaných v oblasti správního práva a kontrolní činnosti.
Následující stránka