| HOD_0800 | Stonávka od pramene po vzdutí nádrže Těrlicko | HOD | R | P |
| HOD_0815_J | Nádrž Těrlicko na toku Stonávka | HOD | J | S |
| HOD_0820 | Stonávka od hráze nádrže Těrlicko po ústí do Olše | HOD | R | S |
| HOD_0830 | Karvinský potok od pramene po ústí do Olše | HOD | R | P |
| HOD_0840 | Olše od státní hranice po tok Petrůvka | HOD | R | P |
| HOD_0850 | Petrůvka od státní hranice po ústí do Olše | HOD | R | P |
| HOD_0860 | Lutyňka od pramene po ústí do Olše | HOD | R | P |
| HOD_0870 | Olše od toku Petrůvka po ústí do toku Odra | HOD | R | S |
| HOD_0880 | Pština od státní hranice po státní hranici | HOD | R | P |
| HOD_0890 | Oldřišovský potok od pramene po státní hranici | HOD | R | P |
| HOD_0900 | Pišťský potok od pramene po státní hranici | HOD | R | P |
| HOD_0910 | Osoblaha od pramene po Liptaňský potok včetně | HOD | R | P |
| HOD_0920 | Hrozová od pramene po ústí do toku Osoblaha | HOD | R | P |
| HOD_0930 | Zlatý potok od pramene po státní hranici | HOD | R | P |
| HOD_0940 | Prudník od státní hranice po ústí do toku Osoblaha | HOD | R | P |
| HOD_0950 | Osoblaha od toku Liptaňský potok po státní hranici | HOD | R | P |
| HOD_0960 | Bílá voda od pramene po státní hranici | HOD | R | P |
| HOD_0970 | Hoštický potok od pramene po státní hranici | HOD | R | P |
| HOD_0980 | Javornický potok od pramene po státní hranici | HOD | R | P |
| HOD_0990 | Račí potok od pramene po státní hranici | HOD | R | P |
| HOD_1000 | Bílý potok od pramene po státní hranici | HOD | R | P |
| HOD_1010 | Vojtovický potok od pramene po státní hranici | HOD | R | P |
| HOD_1020 | Lánský potok od pramene po státní hranici | HOD | R | P |
| HOD_1030 | Vidnávka od pramene po Černý potok | HOD | R | P |
| HOD_1040 | Černý potok od pramene po tok Vidnávka | HOD | R | P |
| HOD_1050 | Vidnávka od toku Černý potok po státní hranici | HOD | R | P |
| HOD_1060 | Staříč od pramene po ústí do toku Bělá | HOD | R | P |
| HOD_1070 | Bělá od pramene po Staříč | HOD | R | P |
| HOD_1080 | Olešnice od pramene po ústí do toku Bělá | HOD | R | P |
| HOD_1090 | Bělá od toku Staříč po státní hranici | HOD | R | S |
| HSL_0010 | Labe od pramene po Svatopetrský potok včetně | HSL | R | P |
| HSL_0020 | Labe od toku Svatopetrský potok po tok Sovinka | HSL | R | P |
| HSL_0030 | Sovinka od pramene po ústí do Labe | HSL | R | P |
| HSL_0040 | Malé Labe od pramene po Kotelský potok včetně | HSL | R | P |
| HSL_0050 | Malé Labe od toku Kotelský potok po ústí do Labe | HSL | R | P |
| HSL_0060 | Labe od toku Sovinka po tok Čistá | HSL | R | P |
| HSL_0070 | Čistá od pramene po Zrcadlový potok včetně | HSL | R | P |
| HSL_0080 | Čistá od toku Zrcadlový potok po Luční potok | HSL | R | P |
| HSL_0090 | Luční potok od pramene po ústí do toku Čistá | HSL | R | P |
| HSL_0100 | Čistá od toku Luční potok po ústí do Labe | HSL | R | P |
| HSL_0110 | Pilníkovský potok od pramene po Starobucký potok | HSL | R | P |
| HSL_0120 | Starobucký potok od pramene po ústí do toku Pilníkovský potok | HSL | R | P |
| HSL_0130 | Pilníkovský potok od toku Starobucký potok po ústí do Labe | HSL | R | P |
| HSL_0150 | Kalenský potok od pramene po ústí do Labe | HSL | R | P |
| HSL_0170 | Borecký potok od pramene po vzdutí nádrže Les Království | HSL | R | S |
| HSL_0185_J | Nádrž Les Království na toku Labe | HSL | J | S |
| HSL_0190 | Běluňka od pramene po ústí do Labe | HSL | R | P |
| HSL_0200 | Úpa od pramene po tok Malá Úpa | HSL | R | P |
| HSL_0210 | Malá Úpa od pramene po ústí do toku Úpa | HSL | R | P |
| HSL_0220 | Lysečinský potok od pramene po ústí do toku Úpa | HSL | R | P |
| HSL_0230 | Úpa od toku Malá Úpa po Zlatý potok včetně | HSL | R | P |
| HSL_0240 | Úpa od toku Zlatý potok po tok Ličná | HSL | R | P |
| HSL_0250 | Petříkovický potok od státní hranice po ústí do toku Ličná | HSL | R | P |
| HSL_0260 | Ličná od pramene po tok Úpa | HSL | R | P |
| HSL_0270 | Mlýnský potok od pramene po ústí do toku Úpa | HSL | R | P |
| HSL_0280 | Rtyňka od pramene po ústí do toku Úpa | HSL | R | P |
| HSL_0290 | Olešnice od pramene po ústí do toku Úpa | HSL | R | P |
| HSL_0300 | Úpa od toku Ličná po ústí do Labe | HSL | R | P |
| HSL_0310 | Labe od hráze nádrže Les Království po tok Metuje | HSL | R | S |
| HSL_0320 | Metuje od pramene po tok Vlásenka včetně | HSL | R | P |
| HSL_0330 | Metuje od toku Vlásenka po tok Židovka | HSL | R | P |
| HSL_0340 | Židovka od státní hranice po ústí do Metuje | HSL | R | P |
| HSL_0350 | Dřevíč od pramene po ústí do Metuje | HSL | R | P |
| HSL_0360 | Brlenka od pramene po ústí do Metuje | HSL | R | P |
| HSL_0370 | Metuje od toku Židovka po tok Střela | HSL | R | S |
| HSL_0380 | Olešenka od pramene po ústí do Metuje | HSL | R | P |
| HSL_0405_J | Nádrž Rozkoš na tocích Rozkoš a Rovenský potok | HSL | J | S |
| HSL_0410 | Metuje od toku Střela po ústí do Labe, včetně toku Rozkoš od hráze nádrže Rozkoš | HSL | R | P |
| HSL_0420 | Trotina od pramene po ústí do Labe | HSL | R | P |
| HSL_0430 | Piletický potok od pramene po ústí do Labe, včetně Librantického potoka (pramenná část) | HSL | R | P |
| HSL_0440 | Labe od toku Metuje po tok Orlice | HSL | R | P |
| HSL_0450 | Divoká Orlice od státní hranice po soutok s tokem Červený potok | HSL | R | P |
| HSL_0460 | Divoká Orlice od soutoku s tokem Červený potok po vzdutí nádrže Pastviny I | HSL | R | P |
| HSL_0475_J | Nádrž Pastviny I na toku Divoká Orlice | HSL | J | S |
| HSL_0480 | Rokytenka od pramene po tok Hvězdná včetně | HSL | R | P |
| HSL_0490 | Rokytenka od toku Hvězdná po ústí do toku Divoká Orlice | HSL | R | P |
| HSL_0500 | Divoká Orlice od hráze nádrže Pastviny I po tok Zdobnice | HSL | R | P |
| HSL_0510 | Zdobnice od pramene po tok Říčka včetně | HSL | R | P |
| HSL_0520 | Zdobnice od toku Říčka po ústí do toku Divoká Orlice | HSL | R | P |
| HSL_0530 | Divoká Orlice od toku Zdobnice po tok Bělá | HSL | R | P |
| HSL_0540 | Bělá od pramene po tok Dlouhá strouha | HSL | R | P |
| HSL_0550 | Bělá od toku Dlouhá strouha včetně po tok Kněžná | HSL | R | P |
| HSL_0560 | Kněžná od pramene po Uhřínovský potok včetně | HSL | R | P |
| HSL_0570 | Kněžná od toku Uhřínovský potok po Javornický potok | HSL | R | P |
| HSL_0580 | Javornický potok od pramene po ústí do toku Kněžná | HSL | R | P |
| HSL_0590 | Bělá od toku Kněžná po ústí do toku Divoká Orlice a Kněžná od toku Javornický potok po ústí do toku Bělá | HSL | R | P |
| HSL_0600 | Brodec od pramene po ústí do toku Divoká Orlice | HSL | R | P |
| HSL_0610 | Divoká Orlice od toku Bělá po soutok s tokem Tichá Orlice | HSL | R | P |
| HSL_0620 | Tichá Orlice od pramene po Králický potok včetně | HSL | R | P |
| HSL_0630 | Tichá Orlice od toku Králický potok po Lipkovský potok | HSL | R | P |
| HSL_0640 | Lipkovský potok od pramene po ústí do toku Tichá Orlice | HSL | R | P |
| HSL_0650 | Tichá Orlice od toku Lipkovský potok po Bystřec včetně | HSL | R | P |
| HSL_0660 | Čermná od pramene po ústí do toku Tichá Orlice | HSL | R | P |
| HSL_0670 | Lukavický potok od pramene po ústí do toku Tichá Orlice | HSL | R | P |
| HSL_0680 | Tichá Orlice od toku Bystřec po tok Dobroučka | HSL | R | P |
| HSL_0690 | Potočnice od pramene po ústí do toku Tichá Orlice | HSL | R | P |
| HSL_0700 | Dobroučka od pramene po ústí do toku Tichá Orlice | HSL | R | P |
| HSL_0710 | Tichá Orlice od toku Dobroučka po tok Třebovka | HSL | R | P |
| HSL_0720 | Třebovka od pramene po vzdutí nádrže Hvězda | HSL | R | P |
| HSL_0735_J | Nádrž Hvězda na toku Třebovka | HSL | J | S |
| HSL_0740 | Třebovka od hráze nádrže Hvězda po ústí do toku Tichá Orlice | HSL | R | P |
| HSL_0750 | Skořenický potok od pramene po ústí do toku Tichá Orlice | HSL | R | P |
| HSL_0760 | Čermná od pramene po ústí do toku Tichá Orlice | HSL | R | P |
| HSL_0770 | Tichá Orlice od toku Třebovka po ústí do Orlice | HSL | R | P |
| HSL_0780 | Orlice od soutoku toků Tichá Orlice a Divoká Orlice po tok Dědina | HSL | R | P |
| HSL_0790 | Dědina od pramene po Hluky včetně | HSL | R | P |
| HSL_0800 | Dědina od toku Hluky po Brtevský potok | HSL | R | P |
| HSL_0810 | Brtevský potok od pramene po ústí do toku Dědina | HSL | R | P |
| HSL_0820 | Zlatý potok od toku Dědina po ústí do toku Dědina | HSL | R | P |
| HSL_0830 | Dědina od toku Brtevský potok po ústí do Orlice | HSL | R | P |
| HSL_0840 | Stříbrný potok od pramene po ústí do Orlice | HSL | R | P |
| HSL_0850 | Orlice od toku Dědina po ústí do Labe | HSL | R | P |
| HSL_0860 | Ředický potok od pramene po ústí do Labe | HSL | R | P |
| HSL_0870 | Loučná od pramene po tok Desná | HSL | R | P |
| HSL_0880 | Desná od pramene po ústí do toku Loučná | HSL | R | P |
| HSL_0890 | Končinský potok od pramene po ústí do toku Loučná | HSL | R | P |
| HSL_0900 | Lodrantka od pramene po ústí do toku Loučná | HSL | R | P |
| HSL_0910 | Zadní Lodrantka od pramene po ústí do toku Loučná | HSL | R | P |
| HSL_0920 | Loučná od toku Desná po ústí do Labe | HSL | R | P |
| HSL_0930 | Labe od Orlice po tok Chrudimka | HSL | R | P |
| HSL_0940 | Chrudimka od pramene po vzdutí nádrže Hamry | HSL | R | P |
| HSL_0955_J | Nádrž Hamry na toku Chrudimka | HSL | J | S |
| HSL_0960 | Chrudimka od hráze nádrže Hamry po tok Slubice | HSL | R | P |
| HSL_0970 | Slubice od pramene po ústí do toku Chrudimka | HSL | R | P |
| HSL_0980 | Chrudimka od Slubice po vzdutí nádrže Seč | HSL | R | P |
| HSL_0995_J | Nádrž Seč na toku Chrudimka | HSL | J | S |
| HSL_1000 | Chrudimka od hráze nádrže Seč po Okrouhlický potok včetně | HSL | R | P |
| HSL_1010 | Chrudimka od toku Okrouhlický potok po tok Novohradka | HSL | R | P |
| HSL_1020 | Novohradka od pramene po tok Krounka | HSL | R | P |
| HSL_1030 | Krounka od pramene po tok Kamenická voda včetně | HSL | R | P |
| HSL_1040 | Krounka od toku Kamenická voda po ústí do toku Novohradka | HSL | R | P |
| HSL_1050 | Žejbro od pramene po Mrákotínský potok včetně | HSL | R | P |
| HSL_1060 | Žejbro od toku Mrákotínský potok po ústí do toku Novohradka | HSL | R | P |
| HSL_1070 | Ležák od pramene po Kvítecký potok včetně | HSL | R | P |
| HSL_1080 | Ležák od toku Kvítecký potok po ústí do toku Novohradka | HSL | R | P |
| HSL_1090 | Novohradka od toku Krounka po ústí do toku Chrudimka | HSL | R | P |
| HSL_1100 | Chrudimka od toku Novohradka po ústí do Labe | HSL | R | S |
| HSL_1110 | Jesenčanský potok od pramene po ústí do Labe | HSL | R | P |
| HSL_1120 | Černská strouha od pramene po ústí do Labe | HSL | R | P |
| HSL_1130 | Struha od pramene po Mlýnský potok včetně | HSL | R | P |
| HSL_1140 | Struha od toku Mlýnský potok po ústí do Labe | HSL | R | P |
| HSL_1150 | Sopřečský potok od pramene po ústí do Labe | HSL | R | P |
| HSL_1160 | Brložský potok od pramene po ústí do Labe | HSL | R | P |
| HSL_1170 | Strašovský potok od pramene po ústí do Labe | HSL | R | P |
| HSL_1180 | Labe od toku Chrudimka po tok Doubrava | HSL | R | S |
| HSL_1190 | Doubrava od pramene po tok Cerhovka | HSL | R | P |
| HSL_1200 | Doubrava od toku Cerhovka včetně po Běstvinský potok včetně | HSL | R | P |
| HSL_1210 | Doubrava od toku Běstvinský potok po tok Hostačovka | HSL | R | P |
| HSL_1220 | Hostačovka od pramene po Babský potok včetně | HSL | R | P |
| HSL_1230 | Hostačovka od toku Babský potok po ústí do toku Doubrava | HSL | R | P |
| HSL_1240 | Brslenka od pramene po Hluboký potok včetně | HSL | R | P |
| HSL_1250 | Brslenka od toku Hluboký potok po ústí do toku Doubrava | HSL | R | P |
| HSL_1260 | Doubrava od toku Hostačovka po ústí do Labe | HSL | R | P |
| HSL_1270 | Klejnárka od pramene po Paběnický potok včetně | HSL | R | P |
| HSL_1280 | Vrchlice od pramene po vzdutí nádrže Vrchlice | HSL | R | P |
| HSL_1295_J | Nádrž Vrchlice na toku Vrchlice | HSL | J | S |
| HSL_1300 | Vrchlice od hráze nádrže Vrchlice po ústí do toku Klejnárka | HSL | R | P |
| HSL_1310 | Klejnárka od toku Paběnický potok po ústí do Labe | HSL | R | P |
| HSL_1320 | Labe od toku Doubrava po tok Polepka (Chotouchovský potok) včetně | HSL | R | S |
| HSL_1330 | Bačovka od pramene po ústí do Labe | HSL | R | P |
| HSL_1340 | Labe od toku Polepka (Chotouchovský potok) po tok Cidlina | HSL | R | S |
| HSL_1350 | Cidlina od pramene po tok Porák (Velký Porák) | HSL | R | P |
| HSL_1360 | Porák (Velký Porák) od pramene po ústí do toku Cidlina | HSL | R | P |
| HSL_1370 | Úlibický potok od pramene po ústí do toku Cidlina | HSL | R | P |
| HSL_1380 | Javorka od pramene po ústí do toku Cidlina | HSL | R | P |
| HSL_1390 | Králický potok od pramene po ústí do toku Cidlina | HSL | R | P |
| HSL_1400 | Cidlina od toku Porák (Velký Porák) po tok Bystřice | HSL | R | P |
| HSL_1410 | Bystřice od pramene po Bašnický potok | HSL | R | P |
| HSL_1420 | Bašnický potok od pramene po ústí do Bystřice | HSL | R | P |
| HSL_1430 | Bystřice od toku Bašnický potok po ústí do toku Cidlina | HSL | R | P |
| HSL_1440 | Mlýnská Cidlina od toku Cidlina po ústí do toku Cidlina | HSL | R | P |
| HSL_1450 | Cidlina od toku Bystřice po vzdutí rybníka Žehuňský | HSL | R | P |
| HSL_1465_J | Rybník Žehuňský na toku Cidlina | HSL | J | S |
| HSL_1470 | Cidlina od hráze rybníka Žehuňský po ústí do Labe | HSL | R | P |
| HSL_1480 | Labe od toku Cidlina po tok Mrlina | HSL | R | S |
| HSL_1490 | Mrlina od pramene po Hasinský potok | HSL | R | P |
| HSL_1500 | Hasinský potok od pramene po ústí do toku Mrlina | HSL | R | P |
| HSL_1510 | Mrlina od toku Hasinský potok po Štítarský potok | HSL | R | P |
| HSL_1520 | Štítarský potok od pramene po Smíchovský potok | HSL | R | P |
| HSL_1530 | Smíchovský potok od pramene po ústí do toku Štítarský potok | HSL | R | P |
| HSL_1540 | Štítarský potok od toku Smíchovský potok po ústí do toku Mrlina | HSL | R | P |
| HSL_1550 | Velenický potok od pramene po ústí do toku Mrlina | HSL | R | P |
| HSL_1560 | Křinecká Blatnice od pramene po ústí do toku Mrlina | HSL | R | P |
| HSL_1570 | Blatnice od pramene po ústí do toku Mrlina | HSL | R | S |
| HSL_1580 | Klobuš od pramene po ústí do toku Mrlina | HSL | R | P |
| HSL_1590 | Mrlina od toku Štítarský potok po ústí do Labe | HSL | R | P |
| HSL_1630 | Bečvárka (Miletínský potok) od pramene po ústí do toku Výrovka | HSL | R | P |
| HSL_1640 | Šembera od pramene po ústí do toku Výrovka | HSL | R | P |
| HSL_1650 | Výrovka od toku Bečvárka po ústí do Labe | HSL | R | P |
| HSL_1660 | Vlkava od pramene po ústí do Labe | HSL | R | P |
| HSL_1670 | Výmola od pramene po ústí do Labe | HSL | R | P |
| HSL_1680 | Labe od toku Mrlina po tok Jizera | HSL | R | S |
| HSL_1690 | Jizera od státní hranice po tok Mumlava | HSL | R | P |
| HSL_1700 | Mumlava (Velká Mumlava) od pramene po tok Milnice | HSL | R | P |
| HSL_1710 | Milnice od státní hranice po ústí do toku Mumlava | HSL | R | P |
| HSL_1720 | Mumlava (Velká Mumlava) od toku Milnice po tok Jizera | HSL | R | P |
| HSL_1730 | Jizera od toku Mumlava po tok Jizerka | HSL | R | P |
| HSL_1740 | Jizerka od pramene po tok Cedron včetně | HSL | R | P |
| HSL_1750 | Jizerka od toku Cedron po ústí do toku Jizera | HSL | R | P |
| HSL_1760 | Jizera od toku Jizerka po tok Oleška | HSL | R | P |
| HSL_1770 | Oleška od pramene po tok Rokytka | HSL | R | P |
| HSL_1780 | Oleška od toku Rokytka včetně po tok Popelka | HSL | R | P |
| HSL_1790 | Popelka od pramene po ústí do toku Oleška | HSL | R | S |
| HSL_1800 | Tampelačka od pramene po ústí do toku Oleška | HSL | R | P |
| HSL_1810 | Oleška od toku Popelka po ústí do toku Jizera | HSL | R | P |
| HSL_1820 | Jizera od toku Oleška po tok Kamenice | HSL | R | P |
| HSL_1830 | Kamenice od pramene po vzdutí nádrže Josefův Důl | HSL | R | P |
| HSL_1845_J | Nádrž Josefův Důl na toku Kamenice | HSL | J | S |
| HSL_1850 | Kamenice od hráze nádrže Josefův Důl po tok Jedlová | HSL | R | P |
| HSL_1860 | Jedlová od pramene po ústí do Kamenice | HSL | R | P |
| HSL_1870 | Kamenice od toku Jedlová po tok Černá Desná | HSL | R | P |
| HSL_1880 | Černá Desná od pramene po vzdutí nádrže Souš | HSL | R | P |
| HSL_1895_J | Nádrž Souš na toku Černá Desná | HSL | J | S |
| HSL_1900 | Černá Desná od hráze nádrže Souš po ústí do Kamenice | HSL | R | P |
| HSL_1910 | Kamenice od toku Černá Desná po ústí do toku Jizera | HSL | R | P |
| HSL_1920 | Žernovník od pramene po ústí do toku Jizera | HSL | R | P |
| HSL_1930 | Stebenka od pramene po ústí do toku Jizera | HSL | R | P |
| HSL_1940 | Libuňka od pramene po ústí do toku Jizera | HSL | R | P |
| HSL_1950 | Žehrovka od pramene po ústí do toku Jizera | HSL | R | P |
| HSL_1960 | Jizera od toku Kamenice po tok Mohelka | HSL | R | P |
| HSL_1970 | Mohelka od pramene po Bezděčínský potok včetně | HSL | R | P |
| HSL_1980 | Mohelka od toku Bezděčínský potok po tok Oharka | HSL | R | P |
| HSL_1990 | Oharka od pramene po ústí do toku Mohelka | HSL | R | P |
| HSL_2000 | Ještědka od pramene po ústí do toku Mohelka | HSL | R | P |
| HSL_2010 | Mohelka od toku Oharka po ústí do toku Jizera | HSL | R | P |
| HSL_2020 | Kněžmostka od pramene po ústí do toku Jizera | HSL | R | P |
| HSL_2030 | Klenice od pramene po ústí do toku Jizera | HSL | R | P |
| HSL_2040 | Jizera od toku Mohelka po Strenický potok včetně | HSL | R | P |
| HSL_2050 | Jizera od toku Strenický potok po ústí do Labe | HSL | R | P |
| HSL_2070 | Košátecký potok od pramene po ústí do Labe | HSL | R | P |
| HSL_2080 | Černávka od pramene po ústí do Labe | HSL | R | P |
| HSL_2090 | Labe od toku Jizera po tok Vltava | HSL | R | S |
| HSL_2140 | Labe od toku Čistá po vzdutí nádrže Les Království | HSL | R | P |
| HSL_2390 | Rozkoš od pramene po vzdutí nádrže Rozkoš | HSL | R | S |
| HSL_2600 | Výrovka od pramene po Ostašovský potok včetně | HSL | R | P |
| HSL_2620 | Výrovka od Ostašovského potoka po tok Bečvárka | HSL | R | P |
| HSL_3060 | Mratínský potok od pramene po ústí do Labe | HSL | R | P |
| HVL_0010 | Teplá Vltava od pramene po tok Řasnice | HVL | R | P |
| HVL_0020 | Řasnice od pramene po ústí do toku Teplá Vltava | HVL | R | P |
| HVL_0030 | Teplá Vltava od toku Řasnice po ústí do toku Vltava | HVL | R | P |
| HVL_0040 | Studená Vltava od státní hranice po tok Světlá | HVL | R | P |
| HVL_0050 | Světlá od pramene po ústí do toku Studená Vltava | HVL | R | P |
| HVL_0060 | Studená Vltava od toku Světlá po ústí do toku Vltava | HVL | R | P |
| HVL_0070 | Vltava od toku Studená Vltava po vzdutí nádrže Lipno I | HVL | R | P |
| HVL_0080 | Jezerní potok od pramene po vzdutí nádrže Lipno I | HVL | R | P |
| HVL_0095_J | Nádrž Olšina na toku Olšina | HVL | J | S |
| HVL_0105_J | Nádrž Lipno I na toku Vltava | HVL | J | S |
| HVL_0110 | Vltava od hráze nádrže Lipno I po tok Větší Vltavice | HVL | R | P |
| HVL_0120 | Větší Vltavice od státní hranice po ústí do toku Vltava | HVL | R | P |
| HVL_0130 | Strážný potok od pramene po ústí do toku Vltava | HVL | R | P |
| HVL_0140 | Vltava od Větší Vltavice po tok Polečnice (Kájovský potok) | HVL | R | P |
| HVL_0150 | Polečnice (Kájovský potok) od pramene po Chvalšinský potok | HVL | R | P |
| HVL_0160 | Chvalšinský potok od pramene po tok Polečnice (Kájovský potok) | HVL | R | P |
| HVL_0170 | Polečnice (Kájovský potok) od toku Chvalšinský potok po ústí do toku Vltava | HVL | R | P |
| HVL_0180 | Jílecký potok od pramene po ústí do toku Vltava | HVL | R | P |
| HVL_0190 | Křemžský potok od pramene po ústí do toku Vltava | HVL | R | P |
| HVL_0200 | Třebonínský potok od pramene po ústí do toku Vltava | HVL | R | P |
| HVL_0210 | Vltava od Polečnice po tok Malše | HVL | R | P |
| HVL_0220 | Malše od státní hranice po Leopoldschlag Markt | HVL | R | P |
| HVL_0230 | Malše od Leopoldschlag Markt po soutok s tokem Tichá | HVL | R | P |
| HVL_0240 | Malše od toku Tichá po tok Kamenice | HVL | R | P |
| HVL_0250 | Kamenice od pramene po ústí do Malše | HVL | R | P |
| HVL_0260 | Malše od Kamenice po tok Černá | HVL | R | P |
| HVL_0270 | Pohořský potok od pramene po ústí do toku Černá | HVL | R | P |
| HVL_0280 | Černá od státní hranice po ústí do toku Malše | HVL | R | P |
| HVL_0290 | Malše od toku Černá po vzdutí nádrže Římov | HVL | R | P |
| HVL_0305_J | Nádrž Římov na toku Malše | HVL | J | S |
| HVL_0310 | Malše od hráze nádrže Římov po tok Stropnice | HVL | R | S |
| HVL_0320 | Stropnice od pramene po Veveřský potok | HVL | R | P |
| HVL_0330 | Veveřský potok od pramene po ústí do Stropnice | HVL | R | P |
| HVL_0340 | Stropnice od toku Veveřský potok po Žárský potok | HVL | R | P |
| HVL_0350 | Svinenský potok od pramene po ústí do Stropnice | HVL | R | P |
| HVL_0360 | Stropnice od toku Žárský potok po ústí do Malše | HVL | R | P |
| HVL_0370 | Malše od Stropnice po ústí do toku Vltava | HVL | R | P |
| HVL_0380 | Dehtářský potok od pramene po vzdutí rybníka Dehtář | HVL | R | P |
| HVL_0395_J | Rybník Dehtář na toku Dehtářský potok | HVL | J | S |
| HVL_0400 | Dehtářský potok od hráze rybníka Dehtář po ústí do toku Vltava | HVL | R | S |
| HVL_0410 | Bezdrevský potok od pramene po Olešník (Svatopluk) | HVL | R | P |
| HVL_0420 | Olešník (Svatopluk) od pramene po ústí do toku Bezdrevský potok | HVL | R | S |
| HVL_0430 | Bezdrevský potok od toku Olešník (Svatopluk) po vzdutí rybníka Bezdrev | HVL | R | P |
| HVL_0445_J | Rybník Bezdrev na toku Bezdrevský potok | HVL | J | S |
| HVL_0450 | Kyselá voda od pramene po ústí do toku Vltava | HVL | R | P |
| HVL_0460 | Vltava od Malše po vzdutí nádrže Hněvkovice včetně Bezdrevského potoka od hráze rybníka Bezdrev po ústí do toku Vltava | HVL | R | S |
| HVL_0475_J | Nádrž Hněvkovice na toku Vltava | HVL | J | S |
| HVL_0490 | Lužnice - hraniční úsek v oblasti České Velenice - Gmünd | HVL | R | P |
| HVL_0500 | Tušť (Hrdlořezský potok) od pramene po ústí do Lužnice | HVL | R | P |
| HVL_0510 | Dračice od pramene po státní hranici | HVL | R | P |
| HVL_0520 | Dračice od státní hranice po ústí do Lužnice | HVL | R | P |
| HVL_0530 | Lužnice od státní hranice po Koštěnický (Kačležský) potok | HVL | R | P |
| HVL_0545_J | Rybník Kačležský na toku Koštěnický (Kačležský) potok | HVL | J | S |
| HVL_0555_J | Rybník Staňkovský na toku Koštěnický (Kačležský) potok | HVL | J | S |
| HVL_0560 | Vodoteč I od státní hranice po soutok s tokem Koštěnický (Kačležský) potok | HVL | R | P |
| HVL_0570 | Koštěnický (Kačležský) potok od hráze rybníka Staňkovský po ústí do Lužnice | HVL | R | P |
| HVL_0580 | Lužnice od toku Koštěnický (Kačležský) potok po vzdutí rybníka Rožmberk | HVL | R | P |
| HVL_0590 | Spolský potok od pramene po vzdutí rybníka Svět | HVL | R | S |
| HVL_0605_J | Rybník Svět na toku Spolský potok | HVL | J | S |
| HVL_0610 | Prostřední stoka od počátku po vzdutí rybníka Rožmberk, včetně toku Spolský potok od hráze rybníka Svět | HVL | R | U |
| HVL_0620 | Káňovský potok od pramene po vzdutí rybníka Káňov | HVL | R | S |
| HVL_0625_J | Rybník Káňov na toku Káňovský potok | HVL | J | S |
| HVL_0635_J | Rybník Rožmberk na toku Lužnice | HVL | J | S |
| HVL_0640 | Miletínský potok od pramene po vzdutí rybníka Dvořiště | HVL | R | P |
| HVL_0646_J | Rybník Dvořiště na toku Miletínský potok | HVL | J | S |
| HVL_0655_J | Rybník Záblatský na toku Ponědražský potok | HVL | J | S |
| HVL_0660 | Zlatá stoka | HVL | R | U |
| HVL_0676_J | Rybník Horusický na toku Bukovský potok | HVL | J | S |
| HVL_0680 | Lužnice od hráze rybníka Rožmberk po tok Nežárka, včetně toku Miletínský potok od toku Zlatá Stoka | HVL | R | S |
| HVL_0690 | Kamenice od pramene po tok Žirovnice | HVL | R | P |
| HVL_0700 | Žirovnice od pramene po Počátecký potok | HVL | R | P |
| HVL_0710 | Počátecký potok od pramene po ústí do Žirovnice | HVL | R | S |
| HVL_0720 | Radouňský potok od pramene po ústí do toku Nežárka | HVL | R | S |
| HVL_0730 | Žirovnice od toku Počátecký potok po ústí do toku Nežárka a Nežárka od toku Žirovnice po Hamerský potok | HVL | R | P |
| HVL_0740 | Hamerský potok od pramene po Studenský potok | HVL | R | P |
| HVL_0750 | Studenský potok od pramene po ústí do toku Hamerský potok | HVL | R | P |
| HVL_0790 | Olešná od pramene po ústí do toku Hamerský potok | HVL | R | P |
| HVL_0810 | Lásenice od pramene po ústí do toku Nežárka | HVL | R | P |
| HVL_0820 | Nová řeka od Lužnice po ústí do toku Nežárka | HVL | R | U |
| HVL_0835_J | Rybník Holná na toku Holenský potok | HVL | J | S |
| HVL_0840 | Řečice od pramene po ústí do toku Nežárka | HVL | R | P |
| HVL_0850 | Nežárka od toku Hamerský potok po ústí do Lužnice | HVL | R | P |
| HVL_0860 | Bechyňský potok od pramene po ústí do Lužnice | HVL | R | P |
| HVL_0870 | Doňovský potok od pramene po ústí do Lužnice | HVL | R | S |
| HVL_0880 | Dírenský potok od pramene po ústí do Lužnice | HVL | R | P |
| HVL_0890 | Černovický potok od pramene po ústí do Lužnice | HVL | R | P |
| HVL_0900 | Borecký potok od pramene po ústí do Lužnice | HVL | R | P |
| HVL_0910 | Maršovský potok od pramene po ústí do Lužnice | HVL | R | P |
| HVL_0920 | Chotovinský potok od pramene po Chýnovský potok | HVL | R | P |
| HVL_0930 | Turovecký potok od pramene po ústí do toku Chotovinský potok | HVL | R | P |
| HVL_0940 | Chotovinský potok od toku Chýnovský potok po ústí do Lužnice | HVL | R | P |
| HVL_0950 | Lužnice od toku Nežárka po Košínský potok | HVL | R | P |
| HVL_0960 | Košínský potok od pramene po ústí do Lužnice | HVL | R | P |
| HVL_0970 | Smutná od pramene po Milevský potok | HVL | R | P |
| HVL_0980 | Milevský potok od pramene po ústí do toku Smutná | HVL | R | P |
| HVL_0990 | Smutná od toku Milevský potok po ústí do Lužnice | HVL | R | P |
| HVL_1000 | Židova strouha od pramene po ústí do Lužnice | HVL | R | P |
| HVL_1010 | Lužnice od toku Košínský potok po vzdutí nádrže Kořensko | HVL | R | P |
| HVL_1020 | Bílinský potok od pramene po ústí do toku Lužnice | HVL | R | P |
| HVL_1035_J | Nádrž Kořensko na toku Vltava | HVL | J | S |
| HVL_1040 | Hrejkovický potok od pramene po vzdutí nádrže Orlík I | HVL | R | P |
| HVL_1055_J | Nádrž Orlík I na toku Vltava | HVL | J | S |
| HVL_1060 | Vydra od pramene po Roklanský potok | HVL | R | P |
| HVL_1070 | Roklanský potok od pramene po Javoří potok | HVL | R | P |
| HVL_1080 | Javoří potok od státní hranice po ústí do toku Roklanský potok | HVL | R | P |
| HVL_1090 | Roklanský potok od toku Javoří potok po ústí do toku Vydra | HVL | R | P |
| HVL_1100 | Hamerský potok od pramene po ústí do toku Vydra | HVL | R | P |
| HVL_1110 | Vydra od toku Roklanský potok po ústí do toku Otava | HVL | R | P |
| HVL_1120 | Křemelná od pramene po Slatinný potok | HVL | R | P |
| HVL_1130 | Slatinný potok od pramene po ústí do toku Křemelná | HVL | R | P |
| HVL_1140 | Prášilský potok od pramene po ústí do toku Křemelná | HVL | R | P |
| HVL_1150 | Křemelná od toku Slatinný potok po ústí do toku Otava | HVL | R | P |
| HVL_1160 | Losenice od pramene po ústí do toku Otava | HVL | R | P |
| HVL_1170 | Otava od toku Vydra po tok Volšovka | HVL | R | P |
| HVL_1180 | Volšovka od pramene po ústí do toku Otava | HVL | R | P |
| HVL_1190 | Ostružná od pramene po ústí do toku Otava | HVL | R | P |
| HVL_1200 | Nezdický potok od pramene po ústí do toku Otava | HVL | R | P |
| HVL_1210 | Černíčský potok od pramene po ústí do toku Otava | HVL | R | P |
| HVL_1220 | Mlýnský potok od pramene po ústí do náhonu z Otavy | HVL | R | S |
| HVL_1230 | Březový potok od pramene po ústí do toku Otava | HVL | R | P |
| HVL_1240 | Novosedelský potok od pramene po ústí do toku Otava | HVL | R | P |
| HVL_1250 | Otava od toku Volšovka po tok Volyňka | HVL | R | P |
| HVL_1260 | Volyňka od pramene po tok Spůlka | HVL | R | P |
| HVL_1270 | Spůlka od pramene po ústí do toku Volyňka | HVL | R | P |
| HVL_1280 | Peklov od pramene po ústí do toku Volyňka | HVL | R | P |
| HVL_1290 | Volyňka od toku Spůlka po ústí do toku Otava | HVL | R | P |
| HVL_1300 | Řepický potok od pramene po ústí do toku Otava | HVL | R | S |
| HVL_1310 | Vítkovský potok od pramene po ústí do toku Otava | HVL | R | S |
| HVL_1320 | Brložský potok od pramene po ústí do toku Otava | HVL | R | P |
| HVL_1330 | Blanice od pramene po vzdutí nádrže Husinec | HVL | R | P |
| HVL_1350 | Blanice od vzdutí nádrže Husinec po Dubský potok | HVL | R | P |
| HVL_1360 | Dubský potok od pramene po ústí do Blanice | HVL | R | P |
| HVL_1370 | Zlatý potok od pramene po ústí do Blanice | HVL | R | P |
| HVL_1380 | Blanice od toku Dubský potok po Radomilický potok | HVL | R | P |
| HVL_1390 | Radomilický potok od pramene po ústí do Blanice | HVL | R | S |
| HVL_1400 | Blanice od toku Radomilický potok po ústí do toku Otava | HVL | R | P |
| HVL_1420 | Lomnice od pramene po Hradišťský potok | HVL | R | P |
| HVL_1430 | Hradišťský potok od pramene po ústí do Lomnice | HVL | R | P |
| HVL_1440 | Závišínský potok od pramene po ústí do Lomnice | HVL | R | P |
| HVL_1450 | Mračovský potok od pramene po ústí do Lomnice | HVL | R | P |
| HVL_1460 | Kostratecký potok od pramene po ústí do Lomnice | HVL | R | P |
| HVL_1470 | Lomnice od toku Hradišťský potok po vzdutí nádrže Orlík II | HVL | R | P |
| HVL_1480 | Skalice od pramene po Bezděkovský potok | HVL | R | P |
| HVL_1490 | Skalice od toku Bezděkovský potok po Hrádecký (Ostrovský) potok | HVL | R | P |
| HVL_1500 | Hrádecký (Ostrovský) potok od pramene po ústí do Skalice | HVL | R | P |
| HVL_1510 | Skalice od toku Hrádecký (Ostrovský) potok po ústí do Lomnice | HVL | R | P |
| HVL_1525_J | Nádrž Orlík II na toku Otava | HVL | J | S |
| HVL_1530 | Lužnice - pramenný úsek od státní hranice po státní hranici | HVL | R | P |
| HVL_2080 | Pravostranné přítoky nádrže Lipno I - Rothovský potok, Černá stoka, Ježová, Pestřice | HVL | R | P |
| HVL_2090 | Olšina od hráze nádrže Olšina po vzdutí nádrže Lipno I | HVL | R | S |
| HVL_2190 | Olšina od pramene po vzdutí nádrže Olšina | HVL | R | P |
| HVL_2410 | Otava od Blanice po vzdutí nádrže Orlík II | HVL | R | P |
| HVL_2510 | Otava od toku Volyňka po tok Blanice | HVL | R | P |
| HVL_2540 | Koštěnický (Kačležský) potok od pramene po vzdutí rybníka Kačležský | HVL | R | P |
| HVL_2640 | Koštěnický (Kačležský) potok od hráze rybníka Kačležský po vzdutí rybníka Staňkovský | HVL | R | P |
| HVL_2650 | Ponědražský potok od pramene po vzdutí rybníka Záblatský | HVL | R | P |
| HVL_2670 | Bukovský potok od pramene po vzdutí rybníka Horusický | HVL | R | P |
| HVL_2750 | Ponědražský potok od hráze rybníka Záblatský po ústí do Lužnice | HVL | R | S |
| HVL_2800 | Hamerský potok od toku Studenský potok po ústí do toku Nežárka | HVL | R | P |
| HVL_2830 | Holenský potok od pramene po vzdutí rybníka Holná | HVL | R | P |
| HVL_2930 | Holenský potok od hráze rybníka Holná po ústí do toku Nežárka | HVL | R | S |
| HVL_3030 | Vltava od hráze nádrže Hněvkovice po vzdutí nádrže Kořensko | HVL | R | S |
| LNO_0010 | Stěnava od státní hranice po státní hranici | LNO | R | P |
| LNO_0020 | Šonovský potok od pramene po státní hranici | LNO | R | P |
| LNO_0030 | Bobr od pramene po státní hranici | LNO | R | P |
| LNO_0040 | Černý potok od pramene po státní hranici | LNO | R | P |
| LNO_0050 | Jindřichovický potok od pramene po státní hranici | LNO | R | P |
| LNO_0060 | Lužická Nisa od pramene po tok Rýnovická Nisa | LNO | R | P |
| LNO_0070 | Lužická Nisa od toku Rýnovická Nisa po Doubský potok | LNO | R | P |
| LNO_0080 | Doubský potok od pramene po ústí do toku Lužická Nisa | LNO | R | P |
| LNO_0090 | Harcovský potok od pramene po ústí do toku Lužická Nisa | LNO | R | S |
| LNO_0100 | Lužická Nisa od toku Doubský potok po tok Černá Nisa | LNO | R | P |
| LNO_0110 | Černá Nisa od pramene po Radčický potok | LNO | R | P |
| LNO_0120 | Radčický potok od pramene po ústí do toku Černá Nisa | LNO | R | P |
| LNO_0130 | Černá Nisa od toku Radčický potok po ústí do toku Lužická Nisa | LNO | R | P |
| LNO_0140 | Jeřice od pramene po ústí do toku Lužická Nisa | LNO | R | P |
| LNO_0150 | Lužická Nisa od toku Černá Nisa po Oldřichovský potok | LNO | R | P |
| LNO_0160 | Oldřichovský potok od pramene po ústí do toku Lužická Nisa | LNO | R | P |
| LNO_0170 | Mandava/Mandau od pramene po státní hranici | LNO | R | S |
| LNO_0180 | Mandava/Mandau od státní hranice po státní hranici | LNO | R | S |
| LNO_0190 | Lužnička od pramene po státní hranici | LNO | R | P |
| LNO_0200 | Oleška od pramene po státní hranici | LNO | R | P |
| LNO_0210 | Smědá od pramene po Černý potok | LNO | R | P |
| LNO_0220 | Smědá od toku Černý potok po Sloupský potok | LNO | R | S |
| LNO_0230 | Sloupský potok od pramene po ústí do toku Smědá | LNO | R | P |
| LNO_0240 | Lomnice od pramene po Ztracený potok | LNO | R | P |
| LNO_0250 | Lomnice od toku Ztracený potok po ústí do toku Smědá | LNO | R | P |
| LNO_0260 | Řasnice od pramene po ústí do toku Smědá | LNO | R | P |
| LNO_0270 | Bulovský potok od pramene po ústí do toku Smědá | LNO | R | P |
| LNO_0280 | Smědá od toku Sloupský potok po státní hranici | LNO | R | P |
| LNO_0290 | Kočičí potok od pramene po státní hranici | LNO | R | P |
| MOV_0010 | Morava od pramene po tok Krupá | MOV | R | P |
| MOV_0020 | Krupá od pramene po Stříbrňický potok | MOV | R | P |
| MOV_0030 | Kunčický potok od pramene po ústí do toku Krupá | MOV | R | P |
| MOV_0040 | Vrbenský potok od pramene po ústí do toku Krupá | MOV | R | P |