Je mimo jakoukoli pochybnost, že napadená ustanovení trestního zákona byla vydána v době, kdy jakákoli alternativa k vojenské službě neexistovala a kdy jakékoli dovolávání se výhrady svědomí či základních lidských práv a svobod mohlo být, a začasté také bylo, důvodem perzekuce. Za této situace by Ústavní soud na sebe neměl v nadbytečné míře brát úkol interpretovat v novém ústavním rámci a ve zcela odlišných sociálněekonomických podmínkách normy, jejichž smysl a účel byl zcela jiný. Smyslem těchto předpisů bylo opakovaně trestat a věznit osoby odpírající vojenskou službu, a to bez jakýchkoli časových omezení. Již samo mechanické připojení nových skutkových podstat trestných činů proti civilní službě (§ 272a a násl. tr. zákona) učinilo trestní odpovědnost do jisté míry nepřehlednou a neurčitou. Za nově vzniklé situace, tj. po zavedení možnosti nahradit vojenskou službu službou civilní, se vlastně trvalého odmítání vojenské služby s trestními následky ani dopustit nelze, neboť nemůže být trestné to, že někdo realizuje své ústavní právo ve smyslu čl. 15 odst. 3 Listiny základních práv a svobod. Zákon samozřejmě může stanovit podrobnosti, nemůže však patrně toto právo anulovat. Ten, kdo odmítá vykonat vojenskou službu se dle mého soudu může dopustit pouze toho, že způsobem rozporným se zákonem č. 18/1992 Sb., ve znění pozdějších předpisů, požádá o vykonání civilní služby (např. po stanovené lhůtě), resp. neučiní relevantní projev vůbec (přitom ponechávám pro účely tohoto stanoviska stranou posouzení toho, zda citovaný zákon o civilní službě je ve svých podmínkách pro projev výhrady svědomí v souladu s ústavními právy občanů). Pak by měl být spíše stíhán za porušení zákona o civilní službě, resp. za obecné vyhýbání se "služební povinnosti".
Na základě výše uvedených skutečností se jeví zejména ustanovení § 269 tr. zákona jako jistá anomálie a v tomto směru plně sdílím právní názory vyjádřené v odlišném stanovisku soudkyně Ústavního soudu JUDr. Ivany Janů.
Sdílím stanovisko pléna, že má být ctěn princip minimalizace zásahů, tedy že ke zrušení zákona či jeho jednotlivých ustanovení pro neústavnost má být přistoupeno teprve tehdy, nelze-li dojít k ústavně konformní interpretaci. Po mém soudu se však žádný princip neobejde bez výjimky, která jej potvrzuje. Úzkoprsé lpění na principech by mohlo Ústavní soud dostat do situace, kdy, jak je to ostatně zřejmé i z případů, které iniciovaly tuto plenární věc, jeho interpretačních návodů nikdo nedbá (ať již proto, že jim nerozumí, či rozuměti nechce, resp. jim, v některých jiných věcech, někdy ani dost dobře rozumět nelze). Zásada minimalizace zásahů by nepochybně měla být respektována vždy, jedná-li se o posuzování ústavnosti právních předpisů přijatých po roce 1989. Trvat na tomto principu též u předpisů vydaných v režimu, který zákonodárce současně prohlašuje za zločinný, nelegitimní a zavrženíhodný (a toto hodnocení stvrdil i Ústavní soud ve svém nálezu publikovaném pod č. 14/1994 Sb.), může v mnoha případech vést ke zcela schizofrenním situacím. Kromě toho by i Ústavní soud měl respektovat princip hospodárnosti řízení a zamezit situacím, kdy jeho jasně vyslovený názor není respektován.
Neústavnost nelze odvozovat jen z textu právního předpisu a z jeho výkladu, ale i z účelu, pro který byl konkrétní předpis zamýšlen a určen. Tento účel, jak bylo již výše vyloženo, je zcela jasně neslučitelný se současným chápáním lidských práv a svobod. Dojde-li proto Ústavní soud k názoru (a tento názor je v odůvodnění nálezu, byť jen okrajově, přítomen), že je žádoucí právní úprava nová, neměl by se v tak specifických a výjimečných případech, jako je tento, rozpakovat přimět zákonodárce k činnosti i tím, že takový předpis zruší, při současném rozumném odložení termínu vykonatelnosti svého nálezu. O takový nález soudní praxe zcela evidentně žádala a Ústavní soud měl tomuto žádání vyhovět.