16. Ustanovení § 23 odst. 15zákona č. 586/1992 Sb., ve znění tohoto zákona, se použije i na kladný nebo záporný rozdíl mezi oceněním podniku nebo části podniku, tvořící samostatnou organizační složku, nabytého koupí do 31. prosince 2003 a souhrnem jeho individuálně přeceněných složek majetku sníženým o převzaté závazky (goodwill), avšak tento kladný nebo záporný rozdíl se snižuje o účetní odpisy uplatněné do 31. prosince 2003 a doba 180 měsíců se snižuje o počet měsíců, po které byl tento rozdíl odpisován ve zdaňovacím období 2003 nebo ve zdaňovacím období započatém v roce 2003 podle zvláštních právních předpisů upravujících účetnictví.
17. Převzetí daňové ztráty podle § 23a odst. 5 písm. b) a § 23c odst. 8 písm. b)zákona č. 586/1992 Sb., ve znění tohoto zákona, lze provést poprvé u daňové ztráty vyměřené za zdaňovací období, ve kterém vstoupí smlouva o přistoupení České republiky k Evropské unii v platnost.
20. Náklady na deriváty a výnosy z derivátů podle § 24 odst. 2 písm. zg)zákona č. 586/1992 Sb., ve znění tohoto zákona, zahrnují také mimořádné náklady a výnosy vzniklé z důvodu změny metody účtování o derivátech, k níž došlo v účetním období, které započalo v roce 2004.
21. Úroky z úvěrů a půjček poskytnutých zahraničními věřiteli, které nebyly podle § 24 odst. 2 písm. zi)zákona č. 586/1992 Sb., ve znění zákona č. 492/2000 Sb., výdajem (nákladem) na dosažení, zajištění a udržení zdanitelných příjmů poplatníka nebo jeho právního nástupce ve zdaňovacích obdobích 2001 až 2003 z důvodu jejich nezaplacení, jsou výdajem (nákladem) na dosažení, zajištění a udržení zdanitelných příjmů poplatníka nebo jeho právního nástupce v tom zdaňovacím období, ve kterém budou zaplaceny.
22. Pro účely odpisování a uplatnění nájemného u osobního automobilu kategorie M1, s výjimkou automobilu, který je využíván provozovatelem silniční motorové dopravy nebo provozovatelem taxislužby na základě vydané koncese, a automobilu druh sanitní a druh pohřební, který byl do dne předcházejícímu dni vyhlášení tohoto zákona evidován u poplatníka nebo najat podle smlouvy o finančním pronájmu s následnou koupí, se použije zákon č. 586/1992 Sb., ve znění platném do 31. prosince 2003.
23. Ustanovení § 24 odst. 11zákona č. 586/1992 Sb., ve znění tohoto zákona, se poprvé použije u přeměn, jejichž rozhodný den nastane počínaje 1. lednem 2004.
25. Ustanovení § 32azákona č. 586/1992 Sb., ve znění tohoto zákona, se použije poprvé u nehmotného majetku zaevidovaného do majetku poplatníka ve zdaňovacím období, které započalo v roce 2004.
27. Pro uplatnění odpočtu daňové ztráty, která vznikla a byla vyměřena za zdaňovací období započaté v roce 2003 a předchozí zdaňovací období, se použije ustanovení § 34 odst. 1zákona č. 586/1992 Sb., ve znění platném do 31. prosince 2003.
29. Slevu na dani podle § 35 odst. 3zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, ve znění platném do 31. prosince 2003, lze uplatnit nejpozději za zdaňovací období, které započalo v roce 2003, a za období, za něž se podává daňové přiznání a započalo v roce 2003.
30. Daň z úrokových příjmů uvedených v § 36 odst. 6zákona č. 586/1992 Sb., ve znění zákona č. 492/2000 Sb., u níž povinnost plátce srazit nastala v průběhu roku 2003, se započte na celkovou daňovou povinnost za podmínek stanovených zákonem č. 586/1992 Sb., ve znění zákona č. 492/2000 Sb., ve zdaňovacím období nebo v období, za které je povinnost podat daňové přiznání podle § 38mzákona č. 586/1992 Sb., ve znění tohoto zákona, které započalo v roce 2003. Obdobně se postupuje v případě, kdy nelze sraženou daň nebo její část započíst na celkovou daňovou povinnost proto, že poplatníkovi vznikla daňová povinnost ve výši nula nebo vykázal daňovou ztrátu anebo jeho celková daňová povinnost je nižší než daň sražená.
31. Ustanovení § 38nazákona č. 586/1992 Sb., ve znění tohoto zákona, se použije poprvé u poplatníka, u něhož došlo k podstatné změně ve zdaňovacím období, které započalo v roce 2004.
33. Poplatník, který vyloučil podle předchozího bodu ze základu daně nerealizované kursové zisky, je povinen zvýšit základ daně ve třech zdaňovacích obdobích, nebo obdobích, za něž je podáváno daňové přiznání, bezprostředně následujících po období, ve kterém byly nerealizované kursové zisky podle předchozího bodu vyloučeny, a to v prvním období nejméně o jednu třetinu, ve druhém období nejméně o polovinu zbývající částky a ve třetím období o zbývající částku. Poplatník, kterému vznikla povinnost podat daňové přiznání při prohlášení konkurzu, zrušení, sloučení, ukončení nebo přerušení činnosti, zvýší základ daně o zbývající část částky vyloučené podle předchozího bodu.