Jestliže Ústava České republiky takový model nezávislosti - obecně ani ve vztahu k jednotlivým správním orgánům - sama nedefinuje, pak zůstává zdrojem autorizace podústavní implementační úpravy unijně specifického rozměru nezávislosti Ústavou (čl. 10a ve spojení s čl. 1 odst. 2) aprobovaná pravomoc Evropské unie k jeho nastavení v primárním právu a v unijních předpisech od něho odvozených. Ačkoliv takové nastavení je pro členské státy pouze minimálním standardem rozměru nezávislosti jejich správních orgánů, je plné vynětí těchto orgánů z dosahu vlády v otázkách počtu služebních míst a objemu prostředků na platy podle ustanovení § 17 odst. 3 posuzovaného zákona č. 234/2014 Sb., o státní službě, z hlediska ústavnosti disproporční. Za systémové, ústavně konformní a zároveň i odpovídající požadavkům unijního práva je třeba pokládat zabudování jen nutných prvků nezávislosti v právním řádu, neboť se jedná o výjimku ze zásady národní institucionální autonomie.
Požadavek nezávislosti správních orgánů, postulovaný právem Evropské unie, by byl v potřebném rozsahu uspokojen vyjádřením cíle, k němuž má jejich nezávislost sloužit. Nebylo proto namístě omezit výlučné oprávnění vlády schvalovat systemizaci výslovným výčtem správních úřadů a způsobem, jak je uvedeno v ustanovení § 17 odst. 3 věty čtvrté posuzovaného zákona, nýbrž stanovení počtu služebních míst a objemu prostředků na platy mělo být obecnou formulací vázáno na plnění úkolů těchto orgánů, vyplývajících z unijního práva, resp. z rozhodnutí unijních orgánů na něm založených. Takový odkaz na právo Evropské unie, a tím i na jeho vlastní zdroje legitimity a odpovědnosti by měl Ústavní soud pokládat za překlenutí hrozby demokratického deficitu, která vyplývá z jistého rozvolnění vztahu přímé politické odpovědnosti vlády vůči Parlamentu v důsledku nezávislého postavení těchto správních orgánů (srov. Handrlica, J. Nezávislé správní orgány. Studie Národohospodářského ústavu Josefa Hlávky č. 3/2009, s. 88).
Samotná námitka navrhovatele ohledně porušení postavení vlády jako vrcholného orgánu výkonné moci podle čl. 67 odst. 1 Ústavy je tedy relevantní pouze v rozsahu, v němž vynětí správních orgánů z výlučného oprávnění vlády stanovit jejich systemizaci překračovalo rámec požadavku nezávislosti, založený na předpisech práva Evropské unie.