Rothovský p. (Bugelbach)114310000100*****1-06-01 část
Ježová114330000100***6,4**0,01-06-01 část
Černá stoka114330000400*****
Lukavický p.114350000100***7,8**0,01-06-01 část
bezejmenný tok114350000800*****
Černý p.114390000100***6,3**0,01-06-01 část
Výtoňský p.114430000100*****1-06-01 část
Slupečný p.114470000100*****1-06-01 část
52 LPolečnicePolečnice114920000100*20,9do soutoku s Vltavou0,0část VÚ421-06-01 část
Hořický p.114970000100***
Čertice114990000100***
Škeblice115010000100***
Chvalšinský p. (Třebovický)115050000100***
Střemilský p.115080000100***
Borová115100000100***
Hučnice115170000100***
53 LKřemžský p.Křemžský p.115280000100*18,3do soutoku s Vltavou0,0část VÚ241-06-01 část
Olešnice115330000100***
Chmelenský p.115370000100***
Chlumecký p.115390000100***
Mříčský p.115420000200***
54 LVltava horníVltava113900000100od hráze VN Lipno322,6do soutoku s Homolským p.247,71871-06-01 část
Nad Kapličkami114480000200***
Hodslavský p.114490000100***
Bolešský p.114510000100***
Kleštínský p.114530000100***
Menší Vltavice114550000100***
Větší Vltavice114590000100***
Hajský p.114620000100***
Mlýnecký p. (Trávnice)114640000100***
Hraniční p.114650000100***
Bystrá114670000100***
Boršíkovský p. (Na vyhlídce)114670000800***
.bezejmenný tok114680000200***
Rybnický p.114710000100***
Jilovický p.114730000100***
bezejmenný tok114740000200***
Rožmitálský p.114750000100***
Všímarský p.114790000100***
Strážný p.114840000100***
Malý Strážný p.114850000100***
Sušský p.114870000100***
Bučský p.114870000600***
Práčovský p.114900000100***
Slupenecký p.114910003000***
Jilecký p.115200000100***
Zubčický p.115230000100***
bezejmenný tok115430000200***
Třebonínský p.115440000100***
Svinecký p.115450000100***
Milíkovský p.115450002400***
55 LMalše hraničníMalše115500000100*87,8do soutoku s Tichou64,9hranice s Rakouskem301-06-02 část
Hraniční p. (Různice)115500000200***
Mikulovský p.115540000200***
56 LMalšeMalše115500000100od soutoku s Tichou64,9po vzdutí VN Řimov34,8včetně Tiché661-06-02 část
Tichá115570000100***
Trojanský p.115580001200***
Hněvanovický p.115580002000***
Zdíkovský p.115590000100***
Mladoňovský p.115610000100***
Kamenice115630000100***
bezejmenný tok115630001800***
bezejmenný tok115630002600***
Dobechovský p.115650000100***
Stradovský p.115670000100***
Rožnovský p.115690000100***
Blažkovský p.115690000600***
Budský p.115830000100***
Chlumský p.115840000400***
Dlouhý p.115840002200***
57 LČernáČerná115730000100*26,7do soutoku s Malší0,0581-06-02 část
bezejmenný tok115730000110***
Huťský p.115740000100***
Tisový p.115740001400***
Lužný p.115760000100***
bezejmenný tok115760000110***
Pohořský p.115780000100***
Uhlíšťský p.115780001800***
Vlasatecký p.115780004200***
Velíšský p.115790000400***
Dluhošťský p.115800000100***
58 LStropniceStropnice115890000100*51,7do soutoku s Malší0,01291-06-02 část
bezejmenný tok115890000400***
Bedřichovský p.115900000100***
bezejmenný tok115910000200***
bezejmenný tok115910000500***
Veveřský p.115920000100***
bezejmenný tok115920000400***
Novohradský p.115930000100***
bezejmenný tok115930000200***
bezejmenný tok115950000200***
Dvorský p.115960000100***
Janovský p.115980000100***
Vyšenský p.116000000100***
bezejmenný tok116000000800***
bezejmenný tok116010001800***
Žárský p.116020000100***
Jílovický p.116030000200***
Vrcovský p.116040000100***
Čeřejovský p.116060000100***
Trocnovský p.116070001600***
Pašinovický p.116200000100***
59 LSvinenský p.Svinenský p.116080000100*25,8do soutoku se Stropnicí0,0561-06-02 část
bezejmenný tok116080004400***
Kondračský p.116090000100***
Boršíkovský p.116100005000***
Bukovický p.116110000100***
Klenský p.116130000100***
Keblanský p.116150000100***
Besednický p.116160000100***
bezejmenný tok116180004700***
60 LMalše dolníMalše115500000100od hráze VN Římov21,5, 4do soutoku s Vltavou0,0311-06-02 část
Zborovský p.116230000100***
Slavíček116230000800***
Bukovský p. (Plavnický)116250000100***
61 KVltava českobudějovickáVltava113900000100od soutoku s Homolským p.225,2po vzdutí VN Hněvkovice215,9včetně Homolského p.216
Homolský p.115480000100***1-06-01 část
Dubský p.115480001800***1-06-01 část
Litvínovický p.115490002200***1-06-01 část
Dobrovodský p.116290300100***1-06-03 část
Dehtářský p.116300000100***1-06-03 část
Kamenný p.116330000100***1-06-03 část
Zábořský p.116340000100***1-06-03 část
Babický p.116340300100***1-06-03 část
Jaronický p.116340401400***1-06-03 část
Dubenský p.116350000100***1-06-03 část
Bezdrevský p. (Netolický)116380000100***1-06-03 část
Vadkovský p.116390000100***1-06-03 část
Melhutka116430000100***1-06-03 část
Mastnice116440000100***1-06-03 část
Třebánka116470000100***1-06-03 část
Židovská strouha116480000100***1-06-03 část
Malovický p.116510200100***1-06-03 část
Olešník116510400100***1-06-03 část
Jamský p.116510500100***1-06-03 část
Blanský p.116520002000***1-06-03 část
bezejmenný tok1.16520002900***1-06-03 část
Pištínský p.116550000100***1-06-03 část
bezejmenný tok116550002400***1-06-03 část
Břehovský p.116570000100***1-06-03 část
Kyselá voda116600000100***1-06-03 část
Dobrá voda116610008100***1-06-03 část
Stoka116630000100***1-06-03 část
Čertík116650000100***1-06-03 část
Munický p.116680000100***1-06-03 část
Luční p.116700000100***1-06-03 část
Dobřejovický p.116720000100***1-06-03 část
62 KPřítoky VN Hněvkovic a KořenskaVltava113900000100od vzdutí VN Hněvkovice225,2do soutoku s Lužnicí202,6mimo VN Kořensko, Hněvkovice261-06-03 část
Libochovka116740000100***
Kozlovský p.116760000100***
Strouha116820000100***
Hradní strouha116850000200***
Palečkův p.116860000100***
Bohunický p.116900000100***
bezejmenný tok116900000400***
63 LLužnice suchdolskáLužnice116920000100od hranice s Rakouskem142,4do soutoku s Dračicí121,5hranice s Rakouskem2761-07-01 část
Rybná117000000100*****
Jelení p.117020000100*****
Halámecký p.117040000100*****
Tušť (Hrdlořezský p.)117060000100*****
Hadačský p.117060014200*****
Černý p.117080000100*****
bezejmenný tok117090001400*****
64 LDračiceDračice117100000100od hranice s Rakouskem26,6do soutoku s Lužnicí0,0hranice s Rakouskem1281-07-02 část
Artolecký p.117100005100*****
bezejmenný tok117100008000***
65 KKoštěnický p.Koštěnický p. (Kačležský)117170000100*37,8do soutoku s Lužnicí0,0hranice s Rakouskem651-07-02 část
Lhotský p.117180000100***
Bystřický p.117190000100***
Bílý p.117220000100***
Červený p.117240000100***
bezejmenný tok117240000200***
bezejmenný tok117240000600***
bezejmenný tok117250000400***
bezejmenný tok117250001400***
66 KLužnice třeboňskáLužnice116920000100od soutoku s Dračicí121,5do soutoku s Nežárkou74,49321-07-02 část
Žabinec117140000100*****
bezejmenný tok117300001209*****
bezejmenný tok117300001300*****
bezejmenný tok117:300004800*****
bezejmenný tok117300005300*****
Kojan117300101000*****
bezejmenný tok117300200110*****
bezejmenný tok117300601000*****