| | Rothovský p. (Bugelbach) | 114310000100 | | | *** | | ** | | | | 1-06-01 část |
| | Ježová | 114330000100 | | | *** | 6,4 | ** | 0,0 | | | 1-06-01 část |
| | | | Černá stoka | 114330000400 | *** | | ** | | | | |
| | Lukavický p. | 114350000100 | | | *** | 7,8 | ** | 0,0 | | | 1-06-01 část |
| | | | bezejmenný tok | 114350000800 | *** | | ** | | | | |
| | Černý p. | 114390000100 | | | *** | 6,3 | ** | 0,0 | | | 1-06-01 část |
| | Výtoňský p. | 114430000100 | | | *** | | ** | | | | 1-06-01 část |
| | Slupečný p. | 114470000100 | | | *** | | ** | | | | 1-06-01 část |
| 52 L | Polečnice | Polečnice | 114920000100 | | | * | 20,9 | do soutoku s Vltavou | 0,0 | část VÚ | 42 | 1-06-01 část |
| | | | Hořický p. | 114970000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Čertice | 114990000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Škeblice | 115010000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Chvalšinský p. (Třebovický) | 115050000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Střemilský p. | 115080000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Borová | 115100000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Hučnice | 115170000100 | * | | ** | | | | |
| 53 L | Křemžský p. | Křemžský p. | 115280000100 | | | * | 18,3 | do soutoku s Vltavou | 0,0 | část VÚ | 24 | 1-06-01 část |
| | | | Olešnice | 115330000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Chmelenský p. | 115370000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Chlumecký p. | 115390000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Mříčský p. | 115420000200 | * | | ** | | | | |
| 54 L | Vltava horní | Vltava | 113900000100 | | | od hráze VN Lipno | 322,6 | do soutoku s Homolským p. | 247,7 | | 187 | 1-06-01 část |
| | | | Nad Kapličkami | 114480000200 | * | | ** | | | | |
| | | | Hodslavský p. | 114490000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Bolešský p. | 114510000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Kleštínský p. | 114530000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Menší Vltavice | 114550000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Větší Vltavice | 114590000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Hajský p. | 114620000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Mlýnecký p. (Trávnice) | 114640000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Hraniční p. | 114650000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Bystrá | 114670000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Boršíkovský p. (Na vyhlídce) | 114670000800 | * | | ** | | | | |
| | | . | bezejmenný tok | 114680000200 | * | | ** | | | | |
| | | | Rybnický p. | 114710000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Jilovický p. | 114730000100 | * | | ** | | | | |
| | | | bezejmenný tok | 114740000200 | * | | ** | | | | |
| | | | Rožmitálský p. | 114750000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Všímarský p. | 114790000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Strážný p. | 114840000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Malý Strážný p. | 114850000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Sušský p. | 114870000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Bučský p. | 114870000600 | * | | ** | | | | |
| | | | Práčovský p. | 114900000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Slupenecký p. | 114910003000 | * | | ** | | | | |
| | | | Jilecký p. | 115200000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Zubčický p. | 115230000100 | * | | ** | | | | |
| | | | bezejmenný tok | 115430000200 | * | | ** | | | | |
| | | | Třebonínský p. | 115440000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Svinecký p. | 115450000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Milíkovský p. | 115450002400 | * | | ** | | | | |
| 55 L | Malše hraniční | Malše | 115500000100 | | | * | 87,8 | do soutoku s Tichou | 64,9 | hranice s Rakouskem | 30 | 1-06-02 část |
| | | | Hraniční p. (Různice) | 115500000200 | * | | ** | | | | |
| | | | Mikulovský p. | 115540000200 | * | | ** | | | | |
| 56 L | Malše | Malše | 115500000100 | | | od soutoku s Tichou | 64,9 | po vzdutí VN Řimov | 34,8 | včetně Tiché | 66 | 1-06-02 část |
| | | | Tichá | 115570000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Trojanský p. | 115580001200 | * | | ** | | | | |
| | | | Hněvanovický p. | 115580002000 | * | | ** | | | | |
| | | | Zdíkovský p. | 115590000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Mladoňovský p. | 115610000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Kamenice | 115630000100 | * | | ** | | | | |
| | | | bezejmenný tok | 115630001800 | * | | ** | | | | |
| | | | bezejmenný tok | 115630002600 | * | | ** | | | | |
| | | | Dobechovský p. | 115650000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Stradovský p. | 115670000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Rožnovský p. | 115690000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Blažkovský p. | 115690000600 | * | | ** | | | | |
| | | | Budský p. | 115830000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Chlumský p. | 115840000400 | * | | ** | | | | |
| | | | Dlouhý p. | 115840002200 | * | | ** | | | | |
| 57 L | Černá | Černá | 115730000100 | | | * | 26,7 | do soutoku s Malší | 0,0 | | 58 | 1-06-02 část |
| | | | bezejmenný tok | 115730000110 | * | | ** | | | | |
| | | | Huťský p. | 115740000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Tisový p. | 115740001400 | * | | ** | | | | |
| | | | Lužný p. | 115760000100 | * | | ** | | | | |
| | | | bezejmenný tok | 115760000110 | * | | ** | | | | |
| | | | Pohořský p. | 115780000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Uhlíšťský p. | 115780001800 | * | | ** | | | | |
| | | | Vlasatecký p. | 115780004200 | * | | ** | | | | |
| | | | Velíšský p. | 115790000400 | * | | ** | | | | |
| | | | Dluhošťský p. | 115800000100 | * | | ** | | | | |
| 58 L | Stropnice | Stropnice | 115890000100 | | | * | 51,7 | do soutoku s Malší | 0,0 | | 129 | 1-06-02 část |
| | | | bezejmenný tok | 115890000400 | * | | ** | | | | |
| | | | Bedřichovský p. | 115900000100 | * | | ** | | | | |
| | | | bezejmenný tok | 115910000200 | * | | ** | | | | |
| | | | bezejmenný tok | 115910000500 | * | | ** | | | | |
| | | | Veveřský p. | 115920000100 | * | | ** | | | | |
| | | | bezejmenný tok | 115920000400 | * | | ** | | | | |
| | | | Novohradský p. | 115930000100 | * | | ** | | | | |
| | | | bezejmenný tok | 115930000200 | * | | ** | | | | |
| | | | bezejmenný tok | 115950000200 | * | | ** | | | | |
| | | | Dvorský p. | 115960000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Janovský p. | 115980000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Vyšenský p. | 116000000100 | * | | ** | | | | |
| | | | bezejmenný tok | 116000000800 | * | | ** | | | | |
| | | | bezejmenný tok | 116010001800 | * | | ** | | | | |
| | | | Žárský p. | 116020000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Jílovický p. | 116030000200 | * | | ** | | | | |
| | | | Vrcovský p. | 116040000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Čeřejovský p. | 116060000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Trocnovský p. | 116070001600 | * | | ** | | | | |
| | | | Pašinovický p. | 116200000100 | * | | ** | | | | |
| 59 L | Svinenský p. | Svinenský p. | 116080000100 | | | * | 25,8 | do soutoku se Stropnicí | 0,0 | | 56 | 1-06-02 část |
| | | | bezejmenný tok | 116080004400 | * | | ** | | | | |
| | | | Kondračský p. | 116090000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Boršíkovský p. | 116100005000 | * | | ** | | | | |
| | | | Bukovický p. | 116110000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Klenský p. | 116130000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Keblanský p. | 116150000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Besednický p. | 116160000100 | * | | ** | | | | |
| | | | bezejmenný tok | 116180004700 | * | | ** | | | | |
| 60 L | Malše dolní | Malše | 115500000100 | | | od hráze VN Římov | 21,5, 4 | do soutoku s Vltavou | 0,0 | | 31 | 1-06-02 část |
| | | | Zborovský p. | 116230000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Slavíček | 116230000800 | * | | ** | | | | |
| | | | Bukovský p. (Plavnický) | 116250000100 | * | | ** | | | | |
| 61 K | Vltava českobudějovická | Vltava | 113900000100 | | | od soutoku s Homolským p. | 225,2 | po vzdutí VN Hněvkovice | 215,9 | včetně Homolského p. | 216 | |
| | | | Homolský p. | 115480000100 | * | | ** | | | | 1-06-01 část |
| | | | Dubský p. | 115480001800 | * | | ** | | | | 1-06-01 část |
| | | | Litvínovický p. | 115490002200 | * | | ** | | | | 1-06-01 část |
| | | | Dobrovodský p. | 116290300100 | * | | ** | | | | 1-06-03 část |
| | | | Dehtářský p. | 116300000100 | * | | ** | | | | 1-06-03 část |
| | | | Kamenný p. | 116330000100 | * | | ** | | | | 1-06-03 část |
| | | | Zábořský p. | 116340000100 | * | | ** | | | | 1-06-03 část |
| | | | Babický p. | 116340300100 | * | | ** | | | | 1-06-03 část |
| | | | Jaronický p. | 116340401400 | * | | ** | | | | 1-06-03 část |
| | | | Dubenský p. | 116350000100 | * | | ** | | | | 1-06-03 část |
| | | | Bezdrevský p. (Netolický) | 116380000100 | * | | ** | | | | 1-06-03 část |
| | | | Vadkovský p. | 116390000100 | * | | ** | | | | 1-06-03 část |
| | | | Melhutka | 116430000100 | * | | ** | | | | 1-06-03 část |
| | | | Mastnice | 116440000100 | * | | ** | | | | 1-06-03 část |
| | | | Třebánka | 116470000100 | * | | ** | | | | 1-06-03 část |
| | | | Židovská strouha | 116480000100 | * | | ** | | | | 1-06-03 část |
| | | | Malovický p. | 116510200100 | * | | ** | | | | 1-06-03 část |
| | | | Olešník | 116510400100 | * | | ** | | | | 1-06-03 část |
| | | | Jamský p. | 116510500100 | * | | ** | | | | 1-06-03 část |
| | | | Blanský p. | 116520002000 | * | | ** | | | | 1-06-03 část |
| | | | bezejmenný tok | 1.16520002900 | * | | ** | | | | 1-06-03 část |
| | | | Pištínský p. | 116550000100 | * | | ** | | | | 1-06-03 část |
| | | | bezejmenný tok | 116550002400 | * | | ** | | | | 1-06-03 část |
| | | | Břehovský p. | 116570000100 | * | | ** | | | | 1-06-03 část |
| | | | Kyselá voda | 116600000100 | * | | ** | | | | 1-06-03 část |
| | | | Dobrá voda | 116610008100 | * | | ** | | | | 1-06-03 část |
| | | | Stoka | 116630000100 | * | | ** | | | | 1-06-03 část |
| | | | Čertík | 116650000100 | * | | ** | | | | 1-06-03 část |
| | | | Munický p. | 116680000100 | * | | ** | | | | 1-06-03 část |
| | | | Luční p. | 116700000100 | * | | ** | | | | 1-06-03 část |
| | | | Dobřejovický p. | 116720000100 | * | | ** | | | | 1-06-03 část |
| 62 K | Přítoky VN Hněvkovic a Kořenska | Vltava | 113900000100 | | | od vzdutí VN Hněvkovice | 225,2 | do soutoku s Lužnicí | 202,6 | mimo VN Kořensko, Hněvkovice | 26 | 1-06-03 část |
| | | | Libochovka | 116740000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Kozlovský p. | 116760000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Strouha | 116820000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Hradní strouha | 116850000200 | * | | ** | | | | |
| | | | Palečkův p. | 116860000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Bohunický p. | 116900000100 | * | | ** | | | | |
| | | | bezejmenný tok | 116900000400 | * | | ** | | | | |
| 63 L | Lužnice suchdolská | Lužnice | 116920000100 | | | od hranice s Rakouskem | 142,4 | do soutoku s Dračicí | 121,5 | hranice s Rakouskem | 276 | 1-07-01 část |
| | | | Rybná | 117000000100 | *** | | ** | | | | |
| | | | Jelení p. | 117020000100 | *** | | ** | | | | |
| | | | Halámecký p. | 117040000100 | *** | | ** | | | | |
| | | | Tušť (Hrdlořezský p.) | 117060000100 | *** | | ** | | | | |
| | | | Hadačský p. | 117060014200 | *** | | ** | | | | |
| | | | Černý p. | 117080000100 | *** | | ** | | | | |
| | | | bezejmenný tok | 117090001400 | *** | | ** | | | | |
| 64 L | Dračice | Dračice | 117100000100 | | | od hranice s Rakouskem | 26,6 | do soutoku s Lužnicí | 0,0 | hranice s Rakouskem | 128 | 1-07-02 část |
| | | | Artolecký p. | 117100005100 | *** | | ** | | | | |
| | | | bezejmenný tok | 117100008000 | * | | ** | | | | |
| 65 K | Koštěnický p. | Koštěnický p. (Kačležský) | 117170000100 | | | * | 37,8 | do soutoku s Lužnicí | 0,0 | hranice s Rakouskem | 65 | 1-07-02 část |
| | | | Lhotský p. | 117180000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Bystřický p. | 117190000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Bílý p. | 117220000100 | * | | ** | | | | |
| | | | Červený p. | 117240000100 | * | | ** | | | | |
| | | | bezejmenný tok | 117240000200 | * | | ** | | | | |
| | | | bezejmenný tok | 117240000600 | * | | ** | | | | |
| | | | bezejmenný tok | 117250000400 | * | | ** | | | | |
| | | | bezejmenný tok | 117250001400 | * | | ** | | | | |
| 66 K | Lužnice třeboňská | Lužnice | 116920000100 | | | od soutoku s Dračicí | 121,5 | do soutoku s Nežárkou | 74,4 | | 932 | 1-07-02 část |
| | | | Žabinec | 117140000100 | *** | | ** | | | | |
| | | | bezejmenný tok | 117300001209 | *** | | ** | | | | |
| | | | bezejmenný tok | 117300001300 | *** | | ** | | | | |
| | | | bezejmenný tok | 117:300004800 | *** | | ** | | | | |
| | | | bezejmenný tok | 117300005300 | *** | | ** | | | | |
| | | | Kojan | 117300101000 | *** | | ** | | | | |
| | | | bezejmenný tok | 117300200110 | *** | | ** | | | | |
| | | | bezejmenný tok | 117300601000 | *** | | ** | | | | |