31. Vláda České republiky ve svém vyjádření ze dne 2. 7. 2008 v úvodní části informativně uvedla, že 23. července 2007 byla v rámci zasedání Rady pro všeobecné záležitosti a vnější vztahy formálně zahájena mezivládní konference, během níž měl být vypracován na základě předloženého návrhu konečný text tzv. Reformní smlouvy v souladu s mandátem schváleným na zasedání Evropské rady ve dnech 21. až 22. června 2007. Návrh textu Reformní smlouvy byl v následujících měsících projednán a upraven skupinou právních expertů z členských států Evropské unie a finalizován na neformálním zasedání Evropské rady v Lisabonu ve dnech 18. až 19. října 2007. Lisabonskou smlouvu tvoří dvě základní části; jedna část obsahuje znění změn Smlouvy o Evropské unii, druhá obsahuje znění změn Smlouvy o založení Evropského společenství, včetně jejího přejmenování na Smlouvu o fungování Evropské unie. Vláda České republiky schválila sjednání Lisabonské smlouvy usnesením č. 1367 ze dne 4. prosince 2007 a smlouva byla podepsána zmocněnými zástupci členských států EU v Lisabonu dne 13. prosince 2007; za vládu České republiky podepsali Lisabonskou smlouvu předseda vlády M. Topolánek a ministr zahraničních věcí K. Schwarzenberg. Na základě téhož usnesení byla Lisabonská smlouva dne 29. ledna 2008 předložena předsedou vlády Poslanecké sněmovně Parlamentu České republiky a Senátu k vyslovení souhlasu s její ratifikací ve smyslu čl. 10a Ústavy. Oběma komorám Parlamentu byla z důvodu transparentnosti společně s Lisabonskou smlouvou předložena rovněž Listina základních práv Evropské unie (dále též jen "Listina EU"), slavnostně vyhlášená Evropským parlamentem, Radou a Komisí dne 12. prosince 2007 ve Štrasburku, přestože formálně se nejedná o součást Lisabonské smlouvy.
32. Vláda ve svém vyjádření dále konstatovala, že cesta od smlouvy z Nice k novému smluvnímu základu ztělesněnému v Lisabonské smlouvě byla složitá a v jejím průběhu vyvstala celá řada otázek souvisejících s relací primární právo EU - právní řády, resp. ústavní pořádky členských států. Řada problematických míst byla diskutována již v Konventu o budoucnosti Evropy, který připravil návrh Smlouvy o Ústavě pro Evropu; vláda opětovně na některá z nich, identifikovaná rovněž v návrhu Senátu (zejména tzv. přechodová klauzule a Listina EU), narazila i v průběhu vyjednávání o textu Lisabonské smlouvy. Vláda v tomto smyslu považuje za legitimní, že Senát využil svého ústavně zakotveného práva a podal návrh, který umožní rozptýlit pochybnosti o souladu Lisabonské smlouvy s ústavním pořádkem České republiky před vlastním vstupem Smlouvy v platnost.
33. K textu Lisabonské smlouvy vláda nejdříve - obecně - uvedla, že odpovědně analyzovala její ustanovení včetně zmíněných problematických bodů již v průběhu jejího sjednávání a Lisabonskou smlouvu podepsala v přesvědčení, že je v celém svém rozsahu v souladu s ústavním pořádkem České republiky.
34. Z procesního hlediska vláda při formulování svého vyjádření vycházela z právního názoru, že rozhodování Ústavního soudu dle čl. 87 odst. 2 Ústavy o souladu mezinárodní smlouvy podle čl. 10a s ústavním pořádkem je řízením nesporným, nikoli kontradiktorním. Vláda tak dovozuje zejména výkladem příslušných ustanovení Ústavy a zákona o Ústavním soudu, podle kterých se jedná o řízení o souladu mezinárodní smlouvy s ústavním pořádkem (zejm. § 71a odst. 1 a § 71d odst. 3 zákona o Ústavním soudu). Řízení o souladu mezinárodní smlouvy podle čl. 10a je založeno na principu předběžné kontroly ústavnosti a nesporný charakter řízení lze prý dovozovat i z § 71e zákona o Ústavním soudu, který stanoví náležitosti výroku nálezu Ústavního soudu. Vláda se proto domnívá, že přezkum ústavnosti by se neměl omezit pouze na konkrétní tvrzení formulovaná navrhovatelem, nýbrž i na další otázky související s Lisabonskou smlouvou; navrhovatel by tak podle názoru vlády neměl být zatížen důkazním břemenem, stejně tak jako vláda by neměla být v postavení odpůrce, ale účastníka se stejnými procesními právy a povinnostmi jako ostatní účastníci řízení, zejména Poslanecká sněmovna a prezident republiky.
35. Ve vyjádření je dále zejména uvedeno, že pokud bude Lisabonská smlouva posuzována ve vztahu k formálním atributům státu zakotveným v čl. 1 odst. 1 Ústavy ("Česká republika je svrchovaný, jednotný a demokratický právní stát"), neshledává zde vláda nesoulad. V důsledku vstupu Lisabonské smlouvy v platnost bude sice nově konstituována Evropská unie s vlastní právní subjektivitou a členské státy na Unii podmíněně převedou další pravomoci, leč v případě České republiky se tak stane ústavně konformním způsobem dle čl. 10a Ústavy; Česká republika při tom ovšem nadále zůstane samostatným, svrchovaným státem. Dle přesvědčení vlády je nicméně třeba se zaměřit především na posouzení smlouvy z hlediska tzv. materiálního jádra Ústavy, tj. podstatných náležitostí demokratického právního státu dle čl. 9 odst. 2. Vláda je toho názoru, že teorie imanentních mezí garantujících identitu Ústavy, vyjádřená v tomto článku, sama o sobě postačuje k tomu, aby v České republice nemohlo dojít k úplné hodnotové přeměně ústavního systému. Vláda zastává názor, že existují nepsané hranice pro změnu Ústavy; změny a rozšiřování ústavního pořádku jsou v souladu s materiálním jádrem Ústavy tehdy, pokud je garantován systémově konformní vývoj České republiky a pokud nedochází k překonání hodnotového systému, na němž Ústava jako celek spočívá. S odkazem na čl. 2 Smlouvy o EU ("unie je založena na hodnotách úcty k lidské důstojnosti, svobody, demokracie, rovnosti, právního státu a dodržování lidských práv, včetně práv menšin") je dle názoru vlády v obecné rovině zřejmé, že jak ústavní systém České republiky, tak i smluvní systém Evropské unie jsou založeny a vycházejí ze stejných zásad a principů, které jsou společné všem členským státům Evropské unie.
36. Vyjádření se dále věnuje jednotlivým konkrétním argumentům a úvahám vzneseným v návrhu Senátu.
37. Nejdříve se v tomto směru vláda zabývá otázkou vymezení a klasifikace pravomocí EU. V tomto směru vychází z přesvědčení, že legislativní "kompetenční kompetence" náleží členským státům Evropské unie, což prý Lisabonská smlouva jen potvrzuje, a to v čl. 5 odst. 2 Smlouvy o EU. Tento princip považuje vláda ve vztahu k vymezení pravomocí Unie za stěžejní a plně se s ním ztotožňuje. Je přesvědčena, že vymezení a klasifikace pravomocí zavedená Lisabonskou smlouvou neznamenají, že by tím Evropská unie získávala jakékoliv atributy federálního státu.
38. Ve vztahu k výlučným pravomocem Unie vláda uvádí, že nejde o nově zaváděnou kategorii unijních pravomocí, neboť tento druh pravomocí již existuje a je uplatňován Společenstvím dle platného znění Smlouvy o založení Evropského společenství, třebaže výlučné pravomoci nejsou explicitně vyjmenovány v samostatném ustanovení. Existence výlučných pravomocí již podle stávající Smlouvy o ES jednoznačně vyplývá z jejího čl. 5 odst. 2, který vymezuje zásadu subsidiarity ve vztahu ke sdíleným pravomocem; vymezení pojmu výlučná pravomoc lze nalézt i v ustálené judikatuře Evropského soudního dvora. Definice zaváděná nyní Lisabonskou smlouvou pojem výlučných pravomocí podle vlády nijak nerozšiřuje; komplexní oblasti právní regulace spadají mezi výlučné pravomoci Společenství již nyní (jako příklad lze uvést společnou obchodní politiku či pravidla k zajištění nenarušené hospodářské soutěže).
39. Pokud jde o kategorii sdílených pravomocí Unie, vláda znovu připomíná zásadu svěření pravomocí, jež je jako obecný princip zakotvena v čl. 5 odst. 1 Smlouvy o EU: "Vymezení pravomocí Unie se řídí zásadou svěření pravomocí. Výkon těchto pravomocí se řídí zásadami subsidiarity a proporcionality.". Od uvedené zásady se bude odvíjet výkon pravomocí Unie i nadále po vstupu Lisabonské smlouvy v platnost. Ve světle zásady svěření pravomocí je tudíž - podle vlády - třeba vykládat veškerá další ustanovení Smlouvy o EU a Smlouvy o fungování EU, která se týkají pravomocí Unie a vymezení pravomocí mezi Unií a členskými státy. Vláda zastává názor, že obava navrhovatele týkající se předem obtížně identifikovatelné sféry unijní normotvorby není odůvodněná. Není samozřejmě možné taxativním výčtem zakotvit jednotlivé pravomoci tak detailním způsobem, aby vždy přesně odpovídaly konkrétnímu právnímu aktu Unie, jímž jsou realizovány. Je však možné, a Lisabonská smlouva tak jednoznačně činí, zakotvit přesně vymezené oblasti, v nichž může normotvorba Unie probíhat. Vláda dále v této souvislosti upozornila na Protokol o výkonu sdílených pravomocí, připojený ke Smlouvě o EU a Smlouvě o fungování EU, který výslovně uvádí, že pokud Unie přijala v některé z oblastí sdílených pravomocí opatření, vztahuje se rozsah tohoto výkonu jejích pravomocí pouze na prvky, které jsou upraveny předmětným aktem Unie, a nikoliv na celou oblast. Ke kategorii sdílených pravomocí dále vláda znovu poukázala na to, že vedle zásady svěření působí ke stanovení mezí výkonu pravomocí Unie také zásada subsidiarity zakotvená v čl. 5 odst. 3 Smlouvy o EU představující významný nástroj k vyváženému rozdělení sdílených pravomocí mezi členské státy a Evropskou unii.
40. Další část vyjádření vlády se týká tzv. doložky flexibility dle čl. 352 Smlouvy o fungování EU; z formulace tohoto ustanovení je podle vlády zřejmé, že se nejedná o blanketní normu. Aby mohla Unie na základě Lisabonské smlouvy čl. 352 odst. 1 Smlouvy o fungování EU využít, musí být ve vztahu k navrhovanému legislativnímu aktu kumulativně splněny v něm obsažené podmínky. K používání doložky flexibility se rovněž vztahují dvě prohlášení připojená k Závěrečnému aktu mezivládní konference připravující Lisabonskou smlouvu, která prý kladou meze extenzivnímu výkladu a nepřiměřenému užití této doložky. Další meze rozšíření působnosti doložky flexibility představují opět zásada subsidiarity, která působí jako abstraktní mez rozšiřování unijních pravomocí, a její dodržování je kontrolováno vnitrostátními parlamenty (čl. 352 odst. 2 Smlouvy o fungování EU), a dále vyloučení aplikace doložky flexibility v oblasti společné zahraniční a bezpečnostní politiky a vyloučení harmonizace právních předpisů členských států na základě doložky flexibility v případech, kdy Smlouvy tuto harmonizaci vylučují. Tím je podle vlády předem vyloučeno použití doložky flexibility k harmonizaci právních předpisů v oblastech, ve kterých má Unie pouze podpůrné, koordinační nebo doplňkové pravomoci.
41. Pokud jde o zjednodušený postup pro přijímání změn Smluv, spatřuje vláda zásadní rozdíl v čl. 48 odst. 6 a čl. 48 odst. 7 Smlouvy o EU. Podle čl. 48 odst. 6 Smlouvy o EU totiž změna všech nebo části ustanovení části třetí Smlouvy o fungování EU, která se týkají vnitřních politik a činností Unie, podléhá kromě jednomyslného rozhodnutí Evropské rady schválení všemi členskými státy v souladu s jejich ústavními předpisy. Vláda je toho názoru, že z hlediska ústavního systému České republiky by taková změna, pokud by na jejím základě docházelo k přenosu dalších pravomocí orgánů České republiky na Evropskou unii, podléhala schválení Parlamentem dle čl. 10a Ústavy, a vláda je proto přesvědčena o souladu čl. 48 odst. 6 Smlouvy o EU s ústavním pořádkem České republiky. Při postupu dle čl. 48 odst. 7 Smlouvy o EU (tzv. přechodová klauzule) může dojít v rámci pravomocí již přenesených na úroveň Unie ke změně hlasovací procedury (z jednomyslnosti na kvalifikovanou většinu) či změně legislativního postupu (od zvláštního k řádnému legislativnímu postupu). Příslušné rozhodnutí přijímá Evropská rada jednomyslně po obdržení souhlasu Evropského parlamentu. Předtím, než takové rozhodnutí může být přijato, musí být návrh oznámen vnitrostátním parlamentům. Vysloví-li některý vnitrostátní parlament ve lhůtě do šesti měsíců od tohoto oznámení svůj nesouhlas, rozhodnutí se nepřijme. Jakkoli podléhá tento postup na úrovni EU souhlasu ze strany Evropského parlamentu, tak současně zůstává v platnosti kontrola na úrovni členských států ze strany vnitrostátních parlamentů, což považuje vláda za podstatné.
42. Podle mínění vlády, pokud jde o vztah tzv. přechodové klauzule ve smyslu čl. 48 odst. 7 Smlouvy o EU k čl. 10a Ústavy České republiky, bylo by možné z formálního hlediska argumentovat, že při její aplikaci dochází k nepřímé změně Smluv bez toho, že by byla taková změna předmětem ratifikace členskými státy v souladu s jejich ústavními předpisy, jako je tomu standardně u mezinárodních smluv. Vláda je však toho názoru, že ve vztahu k tzv. přechodové klauzuli lze považovat za naplnění čl. 10a Ústavy České republiky v rámci přenosu pravomocí na Evropskou unii v důsledku ratifikace Lisabonské smlouvy vyslovení souhlasu s postupem dle čl. 48 odst. 7 Smlouvy o EU, jenž pro futuro umožňuje Evropské radě se souhlasem Evropského parlamentu a za stanovených podmínek rozhodnout pro jednotlivé případy nebo oblasti o změně procedury hlasování v Radě nebo změně legislativního postupu. Česká republika tak aktem ratifikace dává z pozice svrchovaného členského státu souhlas k budoucím modifikacím výkonu přenesených pravomocí v přesně stanovených mezích čl. 48 odst. 7 Smlouvy o EU.
43. Aplikací tzv. přechodové klauzule nedochází tedy podle názoru vlády k narušení principu svrchovanosti států při přijímání mezinárodněprávních závazků. Princip svrchovanosti členského státu se odráží v požadavku jednomyslnosti rozhodování Evropské rady a právu každého vnitrostátního parlamentu návrh odmítnout.
44. Vláda považovala rovněž za nezbytné vyjádřit se k čl. 83 Smlouvy o fungování EU (pozn.: resp. 69b), zakotvujícímu možnost stanovení minimálních pravidel týkajících se vymezení trestných činů a sankcí v oblastech mimořádně závažné trestné činnosti s přeshraničním rozměrem. Ustanovení čl. 83 odst. 1 třetí alinea Smlouvy o fungování EU totiž umožňuje Radě přijmout na základě vývoje trestné činnosti jednomyslně po obdržení souhlasu Evropského parlamentu rozhodnutí určující další oblasti trestné činnosti, které splňují kritéria uvedená v čl. 83 odst. 1 Smlouvy o fungování EU, nad rámec oblastí explicitně stanovených tímto ustanovením. Dle názoru vlády postup podle čl. 83 odst. 1 třetí alinea Smlouvy o fungování EU nepředstavuje zjednodušený postup změny smlouvy, obdobný mechanismu podle čl. 48 odst. 7 Smlouvy o EU. Vláda zastává názor, že Lisabonskou smlouvou dochází k přenesení pravomoci na orgány Unie, aby v rámci stanovené procedury (jednomyslně přijaté rozhodnutí Rady po obdržení souhlasu Evropského parlamentu) vymezily na základě vývoje trestné činnosti oblasti mimořádně závažné trestné činnosti s přeshraničním rozměrem, přičemž některé takové oblasti stanoví již přímo Smlouva o fungování EU. Podle vlády je třeba zdůraznit, že uvedené ustanovení nemá bezprostřední vztah k přechodové klauzuli zakotvené v čl. 48 odst. 7 Smlouvy o EU.
45. Vláda se dále vyjádřila k otázce vznesené navrhovatelem, zda nedochází k faktickému vyprázdnění čl. 15 odst. 1 Ústavy. Vláda je přesvědčena, že nikoliv, neboť podstatou integračního zmocnění obsaženého v čl. 10a Ústavy České republiky je princip sebeomezení orgánů České republiky. Při přenesení pravomocí na mezinárodní organizaci nebo instituci je nevyhnutelným důsledkem skutečnost, že orgán, jehož pravomoci byly přeneseny, je v tomto rozsahu pozbývá. Nadále však vykonává všechny ostatní pravomoci, které mu v souladu s ústavně vymezenou dělbou moci náleží.
46. V otázce sjednávání mezinárodních smluv považovala vláda za nutné připomenout, že v prvních fázích vývoje Evropského hospodářského společenství se vycházelo z předpokladu, že v souladu s teorií omezených pravomocí přísluší Společenstvím pravomoc uzavírat mezinárodní smlouvy pouze tehdy, jsou-li k tomu výslovně zmocněna v zakládacích smlouvách. S postupem času však vyšlo najevo, že normativní text zakládacích smluv neodpovídá skutečným potřebám Společenství a jeho členských států. Bylo proto nutno hledat cestu, jak zefektivnit činnost Společenství v relaci ke třetím státům a jak dosáhnout většího souladu mezi pravomocemi, jimiž disponuje Společenství dovnitř, a těmi, jimiž disponuje ve vnějších vztazích se třetími státy. Překročit rámec pravidla výslovného zmocnění v zakládacích smlouvách umožnil na počátku sedmdesátých let 20. století rozsudek Evropského soudního dvora v právní věci AETR (rozsudek Evropského soudního dvora v právní věci C-22/70 AETR, 1970, ECR 263); v něm Evropský soudní dvůr dovodil, že existuje-li vnitřní pravomoc Společenství upravovat příslušnou právní oblast, vyplývá z ní v zájmu prosazení cílů daných zakládacími smlouvami pravomoc jednat jménem Společenství ve věcech spadajících do této sféry rovněž ve vztahu ke třetím zemím (teorie paralelismu vnitřních a vnějších pravomocí, implied powers). Zmocnění EU k uzavření mezinárodní smlouvy tak - podle vyjádření vlády - může za současného právního stavu být založeno jak zakládacími smlouvami, tak nižšími právními akty komunitárního práva, jež byly vydány k dosažení cílů EU, vymezených v současném čl. 2 Smlouvy o ES. Vláda proto neshledává, že by čl. 216 a násl. Smlouvy o fungování EU rozšiřoval stávající okruh právních titulů, na jejichž základě bude EU po vstupu Lisabonské smlouvy v platnost oprávněna uzavírat mezinárodní smlouvy, a konstatuje, že dotčené ustanovení Smlouvy o fungování EU ve skutečnosti pouze kodifikuje to, co bylo jako výsledek dlouhodobého vývoje již dříve rozvinuto a ustáleno v judikatuře Evropského soudního dvora.
47. Pokud jde o hlasovací proceduru v Radě, považuje vláda za nutné uvést, že čl. 216 a násl. Smlouvy o fungování EU dopadá pouze na sjednávání mezinárodních smluv za účelem naplňování cílů komunitarizovaných politik. Oblast tzv. druhého pilíře, tj. oblast společné zahraniční a bezpečnostní politiky, si zachovává i nadále svůj specifický status a mezinárodní smlouvy sjednávané EU v této sféře (čl. 37 Smlouvy o EU) budou i po vstupu Lisabonské smlouvy v platnost uzavírány jednomyslně (čl. 24 odst. 1 druhá alinea ve spojení s čl. 31 odst. 1 první alinea Smlouvy o EU). Ani v oblasti komunitarizovaných politik však prý není kvalifikovaná většina uplatňována paušálně bez zohlednění povahy předmětu sjednávané smlouvy. Čl. 218 odst. 8 alinea 2 Smlouvy o fungování EU vyjmenovává případy, kdy Rada EU rozhoduje naopak jednomyslně.
48. K otázce vymezení rozsahu prostoru, jejž Lisabonská smlouva ponechává členským státům k naplnění jejich ústavních požadavků v procesu sjednávání mezinárodních smluv se třetími státy, vláda uvádí, že identifikace hranic tohoto prostoru nevyplývá z ustanovení čl. 216 a násl. Smlouvy o fungování EU, nýbrž z ustanovení hlavy první Smlouvy o fungování EU pojednávající o druzích a oblastech pravomocí EU (viz výše). Z těchto ustanovení je zřejmé, že v oblasti sjednávání tzv. vnějších smluv je v zásadě zachován stávající koncept, který rozlišuje dvě kategorie mezinárodních smluv. První z nich tvoří smlouvy uzavírané ve výlučné pravomoci EU, jež nepodléhají a ani po vstupu Lisabonské smlouvy v platnost nebudou podléhat vnitrostátním schvalovacím procedurám. To proto, že pravomoc České republiky uzavírat tento typ mezinárodních smluv již byla podle čl. 10a Ústavy orgány České republiky přenesena na orgány EU. Druhou kategorii tvoří tzv. smíšené smlouvy, které v současné době Evropské společenství uzavírá se třetím státem spolu se svými členskými státy (ES a jeho členské státy stojí vedle sebe a společně tvoří jednu smluvní stranu). Tento společný postup je podle vlády nevyhnutelný, neboť Evropské společenství nemá ve zvolené právní oblasti dostatek pravomocí smlouvu sjednat ani následně provádět, a proto nezbytně potřebuje součinnost svých členských států. Členské státy mohou poskytnout Evropskému společenství požadovanou součinnost teprve tehdy, až učiní zadost svým ústavněprávním předpisům. Byla-li by taková smíšená mezinárodní smlouva na vnitrostátní úrovni v České republice vyhodnocena jako smlouva prezidentské kategorie ve smyslu čl. 49 Ústavy (což ostatně bývá ten nejčastější případ), pak by Česká republika mohla souhlasit se sjednáním smlouvy teprve poté, co tento záměr schválí vláda a obě komory Parlamentu České republiky a následně smlouvu ratifikuje prezident republiky. Na popsaném postupu a materiálněprávním základě nemůže podle vyjádření vlády změnit nic ani fakt, že EU bude napříště nadána vlastní právní subjektivitou.
49. Vláda dále uvedla, že v návrhu na posouzení souladu Lisabonské smlouvy s ústavním pořádkem České republiky vznáší navrhovatel celou řadu otázek týkajících se statusu a významu Listiny základních práv EU, jakož i jejího vztahu k národním katalogům základních lidských práv a svobod a k evropské Úmluvě o ochraně lidských práv a základních svobod. Z pohledu vlády je Listina EU po formální stránce samostatným dokumentem nekonsensuální povahy. V tuto chvíli má prý povahu právně nezávazného, svým charakterem ryze politického dokumentu obsahujícího katalog lidských práv a svobod. Díky legislativnímu odkazu obsaženému v novém čl. 6 odst. 1 Smlouvy o EU, který stanoví, že: "Unie uznává práva, svobody a zásady obsažené v Listině základních práv ze dne 7. prosince 2000, ve znění přijatém dne 12. prosince 2007 ve Štrasburku, jež má stejnou právní sílu jako Smlouvy.", bude Listina EU vstupem Lisabonské smlouvy v platnost fakticky inkorporována do smluvního acquis. V rozsahu své působnosti bude při současném zachování svého svébytného právního charakteru v systému práva EU vyvíjet právní účinky na subjekty členských států bez potřeby recepce jejích norem vnitrostátním právním aktem. K aplikační přednosti před normami vnitrostátního práva členských států by však podle vlády nemělo dojít ve vztahu k tzv. materiálnímu jádru ústav členských států, což vyslovil i český Ústavní soud. Výše uvedené vlastnosti Listiny EU se navíc uplatní výhradně v rozsahu působnosti stanovené Lisabonskou smlouvou v čl. 6 alinea 2 a 3 Smlouvy o EU a horizontálními ustanoveními v hlavě VII samotné Listiny EU. Dle čl. 51 odst. 1 Listiny EU jsou její ustanovení v prvé řadě určena orgánům, institucím a jiným subjektům Unie; členským státům naopak výhradně jen potud, pokud uplatňují právo Unie.
50. Podle navrhovatele za situace, kdy Unie nedisponuje soudem, který by její ustanovení v konkrétních případech porušení občanských práv vykládal, není úloha Listiny zřejmá. K tomu vláda zejména uvedla, že Listina EU bude inkorporována prostřednictvím odkazu do smluvního acquis, a tedy se budou moci některých jejích ustanovení, jež mají povahu subjektivních vymahatelných práv, přímo dovolávat jednotlivci jak před soudy členských států (pokud aplikují právo EU), tak i před Evropským soudním dvorem. K otázce, zda Listina EU představuje ochranu práv občanů nebo spíše interpretační nástroj, v jehož zorném úhlu jsou vykládány pravomoci orgánů či prohlubován výklad cílů, jež Unie sleduje, vláda uvedla, že Listina EU je moderním katalogem a má paralelně plnit obě uvedené funkce, tedy chránit jednotlivce a stanovit meze pro výkon pravomoci orgánů EU, eventuálně orgánů členského státu při aplikaci práva EU. Vláda dovozuje, že Listina EU bude existovat paralelně vedle katalogů základních lidských práv a svobod, jež jsou součástí ústavního práva členských států, aniž by ve vztahu k ryze vnitrostátní materii jakkoli měnila jejich rozsah. Podle přesvědčení vlády nedojde v důsledku aplikace Listiny EU ke snížení standardu vnitrostátní ochrany základních lidských práv a svobod.
51. V další části se vláda vyjadřuje k ustanovení čl. 2 Smlouvy o EU, které by podle navrhovatele mělo být předmětem přezkumu jeho souladu s čl. 1 odst. 1 a čl. 2 odst. 1 Ústavy. Vláda navrhovatelovy názory nesdílí; připomněla mj., že hodnoty uvedené v čl. 2 Smlouvy o EU jsou od počátku devadesátých let 20. stol., kdy byl český právní řád postupně demokratizován, jeho imanentními substantivními komponenty.
52. K možnosti pozastavení práv, která pro členský stát vyplývají ze Smluv, vláda ve svém vyjádření poznamenala, že tato možnost nemůže znamenat narušení základní charakteristiky České republiky jako svrchovaného, jednotného a demokratického právního státu podle čl. 1 odst. 1 Ústavy, ani principu suverenity lidu zakotveného v čl. 2 odst. 1 Ústavy, neboť se jedná o sankci vůči členskému státu v případě porušování hodnot, na nichž je EU založena. Tyto hodnoty patří, jak již bylo uvedeno výše, k základním principům chráněným též Ústavou České republiky. Proto vláda nesdílí ani obavy navrhovatele ze zasahování do suverenity České republiky prostřednictvím politického tlaku vedoucího ke změnám vnitrostátního právního řádu v případě porušování těchto hodnot ze strany České republiky. Bude-li Česká republika dodržovat svou vlastní Ústavu, pozastavení práv vyplývajících pro ni z členství v EU nepřichází podle názoru vlády v úvahu.
53. S ohledem na shora uvedenou argumentaci je vláda toho názoru, že všechna ustanovení Lisabonské smlouvy, na něž odkazuje ve svém podání navrhovatel, jakož i Lisabonská smlouva v celém svém rozsahu jsou v souladu s ústavním pořádkem České republiky.
VI.
54. Při ústním jednání před Ústavním soudem, konaném dne 25. 11. 2008, vystoupili za navrhovatele (Senát České republiky) místopředseda Senátu Jiří Šneberger a senátor Luděk Sefzig. Oba v zásadě zopakovali argumentaci obsaženou již v původním návrhu, a žádné návrhy na případné doplňování dokazování v dané věci nepředložili.
55. Za Poslaneckou sněmovnu Parlamentu České republiky její předseda Miloslav Vlček v zásadě odkázal na vyjádření zaslané již dříve Ústavnímu soudu.
56. Za vládu České republiky místopředseda vlády pro evropské záležitosti Alexander Vondra v podstatě zopakoval názory obsažené v Ústavnímu soudu doručeném vyjádření a znovu zdůraznil, že vláda je přesvědčena o souladu Lisabonské smlouvy s ústavním pořádkem České republiky.
57. Prezident Václav Klaus při ústním jednání poukázal zejména i na širší kontext věci. Pokud Lisabonská smlouva vstoupí v platnost, změní se podle jeho názoru jak mezinárodní postavení, tak i vnitřní poměry našeho státu, a bude oslabena i váha České republiky při rozhodování v Evropské unii.
58. Poté prezident znovu připomněl ty ze svých otázek, již dříve v jeho vyjádření položených Ústavnímu soudu, které považuje za nejdůležitější: za prvé, zda by Česká republika - po případném vstupu Lisabonské smlouvy v platnost - zůstala svrchovaným, demokratickým a právním státem, za druhé, zda by Česká republika byla i nadále plnoprávným členem mezinárodního společenství, způsobilým samostatně a beze zbytku dodržovat závazky, které pro něj vyplývají z mezinárodního práva, a za třetí, zda by Evropská unie zůstala mezinárodní organizací nebo zda by se stala federálním státem, a zda naše Ústava dovoluje, aby se Česká republika stala dílčí součástí státu tohoto typu.
59. Dále prezident poukázal na vyjádření vlády a v něm obsaženou argumentaci opírající se o právní doktrínu tzv. materiálního jádra ústavy. Na rozdíl od vlády je prezident toho názoru, že Lisabonská smlouva je nesouladná nejen s ústavním pořádkem jako celkem, ale i se základními ústavními principy, které jsou - právě podle doktríny materiálního jádra ústavy - nedotknutelné a nezměnitelné (článek 9 Ústavy). V této souvislosti dále uvedl, že základem Ústavy (a tedy i jejího hypotetického materiálního jádra) je princip svrchovanosti státu, což prý před dvěma lety konstatoval i český Ústavní soud v kauze tzv. cukerných kvót, jestliže odmítl uznat doktrínu Evropského soudního dvora o absolutní přednosti komunitárního práva. Podle prezidenta jde zejména o to, komu mají náležet ony tzv. "kompetenční kompetence". Toto téma nepovažuje prezident za nové; Ústava musela být změněna již před vstupem do Evropské unie, ale i tehdejší tzv. euronovela musela respektovat článek 9 Ústavy. Proto umožnila na orgány Evropské unie přenést "pouze" některé konkrétní pravomoci orgánů České republiky, ale nedovolila přenést svoji svrchovanost. Bylo tím prý řečeno, že při jakémkoli přenosu pravomocí musí být přenášené pravomoci explicitně a jednoznačně vymezeny a že nesmí existovat možnost, aby orgány EU mohly vykládat rozsah přenosu pravomocí samy, či aby dokonce mohly samy na sebe přenášet další pravomoci.
60. S principem svrchovanosti státu je podle názoru prezidenta v naprostém rozporu koncept sdílených pravomocí podle článku 4 konsolidovaného znění Smlouvy o fungování Evropské unie, dále přijímání opatření nad rámec unijních kompetencí, "je-li to nezbytné k dosažení některého z cílů stanovených Smlouvami" podle článku 352 odst. 1 konsolidovaného znění Smlouvy o fungování Evropské unie (tzv. zmocňovací doložka, doložka flexibility), a zjednodušený postup pro přijímání změn primárního práva podle čl. 48 Smlouvy o Evropské unii, tzv. passerella. Mimořádně sporná je prý i tzv. doktrína implicitních vnějších pravomocí zformulovaná Evropským soudním dvorem v roce 2006, umožňující sjednávat mezinárodní smlouvy i nad rámec kompetencí EU. Lisabonská smlouva tak podle prezidenta zahajuje proces, na jehož konci bude suverénem Evropská unie, která bude nařízeními či jinou jednostrannou formou stanovovat normy a pravidla jak jednotlivým členským státům, tak i občanům těchto států. Toto zásadní omezení svrchovanosti České republiky a dalších členských států Evropské unie není navíc v textu Lisabonské smlouvy jasně a otevřeně zformulováno a není výslovně označeno jako záměr a cíl uspořádání, které má tato smlouva přinést.
61. Dalším významným prvkem tzv. materiálního jádra Ústavy je podle prezidenta i princip svrchovanosti lidu. Proto je namístě položit si otázku, kdo je zdrojem právní a politické moci v Evropské unii. Lid to podle názoru prezidenta v žádném případě není, protože "evropský lid" neexistuje. Moc se v EU odvozuje od institucí vytvořených na základě mezivládních dohod či smluv. Pokud by Lisabonská smlouva vstoupila v platnost, by bylo možné jejím prostřednictvím "shora", z Evropy, exekutivně prosadit i to, co by žádný národní parlament nikdy neschválil. Byla by tím prohloubena možnost obcházet národní zákonodárné sbory, což by v členských státech včetně České republiky zásadně oslabilo demokracii. Lisabonská smlouva je tedy podle názoru prezidenta v rozporu i s ústavním principem svrchovanosti českého lidu.
62. Dále prezident republiky kritizoval nepřehlednost a mnohoznačnost kompetenčních ustanovení Lisabonské smlouvy. Tato ustanovení budou vykládat a provádět orgány Evropské unie, známé prý tendencí vykládat kompetence Unie v co nejširší možné míře. To je v rozporu s čl. 1 Ústavy, neboť Česká republika je státem i právním, jehož podstatou je, že pravidla jsou dána a známa předem.
63. V další části svého vystoupení prezident kritizoval názor vlády, že Lisabonská smlouva, bude-li přijata, de facto nepřímo novelizuje Ústavu, protože se prý automaticky stane její součástí. Tento přístup považuje prezident za chybný, protože článek 112 Ústavy taxativně vyjmenovává jako součást ústavního pořádku pouze samotnou Ústavu České republiky, Listinu základních práv a svobod a ústavní zákony, a nezmiňuje žádné mezinárodní smlouvy; dokonce nezmiňuje ani smlouvy uvedené v článku 10a Ústavy. Z toho všeho prý plyne, že i když podle článku 10 všechny Parlamentem schválené mezinárodní smlouvy mají přednost před zákony, nedosahují síly zákonů ústavních, čili nevytvářejí Ústavu, a proto nemohou být její součástí.
64. Ze všech uvedených důvodů považuje prezident republiky Lisabonskou smlouvu za nesouladnou s českým ústavním pořádkem.
VII.
Základní údaje faktografické
65. Lisabonskou smlouvu (LS) pozměňující Smlouvu o Evropské unii (EU) a Smlouvu o založení Evropského společenství (ES) předložila vláda Parlamentu České republiky se žádostí o souhlas s její ratifikací dne 25. 1. 2008. Sama vláda vyslovila souhlas se sjednáním LS dne 4. 12. 2007. Lisabonská smlouva byla podepsána v Lisabonu dne 13. 12. 2007. Za Českou republiku ji podepsali předseda vlády Mirek Topolánek a ministr zahraničních věcí Karel Schwarzenberg.
66. Podle bodu č. IV předkládací zprávy vlády se jedná o smlouvu podle čl. 10a odst. 1 Ústavy České republiky, ve znění pozdějších předpisů, neboť na jejím základě nabývá EU některé nové pravomoci a v některých případech se přechází od jednomyslnosti k hlasování kvalifikovanou většinou. Zároveň se jedná o smlouvu tzv. "prezidentské" kategorie, která vyžaduje ratifikaci prezidentem republiky.
67. Podle čl. 10a odst. 2 Ústavy je k ratifikaci takové mezinárodní smlouvy třeba souhlasu Parlamentu (nebo alternativně, v případě existence ústavního zákona, souhlasu v referendu). Podle čl. 39 odst. 4 Ústavy k souhlasu k ratifikaci mezinárodní smlouvy uvedené v čl. 10a odst. 1 je třeba souhlas třípětinové většiny všech poslanců a třípětinové většiny přítomných senátorů.
68. V uvedené věci je podle čl. 87 odst. 2 Ústavy založena pravomoc Ústavního soudu rozhodnout o souladu LS s ústavním pořádkem. Jsou splněny i zákonné podmínky tohoto řízení ve smyslu ustanovení § 71a a násl. zákona č. 182/1993 Sb., o Ústavním soudu, ve znění pozdějších předpisů.
69. Lisabonská smlouva je publikována v Úředním věstníku EU, řada C 306, české vydání "Informace a oznámení", svazek 50, 17. 12. 2007. Listina základních práv EU, vyhlášená Evropským parlamentem, Radou a Komisí, je publikována v Úředním věstníku EU, řada C 303, "Informace a oznámení orgánů a institucí EU", dne 14. 12. 2007.
VIII.
70. Dříve než Ústavní soud přistoupil k obsahovému přezkumu Lisabonské smlouvy z hlediska jejího souladu s ústavním pořádkem České republiky, musel zodpovědět několik zásadních otázek vztahujících se k charakteru daného řízení a kritériím samotného přezkumu.
71. Nejdříve šlo o otázku, do jaké míry je Ústavní soud při svém přezkumu v rámci řízení podle § 71a zákona o Ústavním soudu vázán návrhem Senátu (v rozsahu konkrétních článků, jejichž přezkum Senát odůvodnil), či zda je oprávněn anebo dokonce povinen přezkoumávat Lisabonskou smlouvu v její celistvosti, tedy i ve vztahu k článkům ostatním, bez ohledu na rozsah a odůvodnění tohoto návrhu. Dále se jednalo o otázku, zda má Ústavní soud přezkoumávat pouze ta ustanovení Lisabonské smlouvy, která jsou z hlediska svého obsahu normativně nová, tedy zda má takový přezkum provést bez zásadního rozlišení mezi normativně starými a novými ustanoveními Lisabonské smlouvy. Konečně je třeba zabývat se v těchto souvislostech tím, jaké má být samo referenční hledisko přezkumu Ústavním soudem, jednoduše vyjádřeno, zda jím je ústavní pořádek jako celek, anebo pouze tzv. materiální ohnisko Ústavy.
72. V první fázi se tedy Ústavní soud zaměřil na zvážení procesní otázky rozsahu přezkumu, který bylo - alespoň teoreticky - možno (podle navrhovatele a některých vyjádření) nutno zaměřit buď na celou Lisabonskou smlouvu, nebo jen na v návrhu zpochybňovaná ustanovení této smlouvy. Návrh je koncipován tak, že obecně vyzývá k přezkumu celé smlouvy, konkrétně však argumentuje pouze proti některým jejím ustanovením, jak je z příslušné výše uvedené pasáže zřejmé.
73. Ústavní soud v prvé řadě předesílá, že v této souzené věci nehodlá rozlišovat, zda se jedná o řízení sporné či nesporné v klasickém pojetí civilistickém. Jde totiž o zcela specifické řízení o přezkumu ústavnosti mezinárodní smlouvy, které Ústavní soud pojal způsobem, jenž je vyložen v následujícím textu.
74. Ústavní soud se zde přiklonil k závěru (vycházejícímu analogicky z jeho konstantní judikatury v oblasti přezkumu právních předpisů), jenž se zaměřuje pouze na v návrhu kvalifikovaně napadená a odůvodněná ustanovení předmětné mezinárodní smlouvy. Podobný charakter má i řízení o přezkumu ústavnosti zákonů ve smyslu § 64 odst. 1 zákona o Ústavním soudu; tam Ústavní soud např. vyslovil, že i když je při posuzování ústavnosti právního předpisu vázán pouze petitem návrhu, a nikoli jeho odůvodněním, neplyne z toho závěr, že navrhovatele v řízení o kontrole norem, argumentuje-li obsahovým nesouladem právního předpisu s ústavním pořádkem, nezatěžuje břemeno tvrzení. Brojí-li totiž navrhovatel proti obsahovému nesouladu zákona s ústavním pořádkem, pro účely ústavního přezkumu nepostačuje toliko označení ke zrušení navrhovaného zákona, příp. jeho jednotlivých ustanovení, nýbrž je nezbytné uvést i důvod namítané protiústavnosti. Ústavní soud v rámci přezkumu není tímto důvodem vázán; je vázán toliko petitem, nikoli však rozsahem přezkumu, daným důvody obsaženými v návrhu na kontrolu norem (srov. nález sp. zn. Pl. ÚS 7/03, Sbírka nálezů a usnesení Ústavního soudu, svazek 34, nález č. 113, str. 180-181, vyhlášen pod č. 512/2004 Sb.). Dikce ustanovení § 71e zákona o Ústavním soudu, hovořící o mezinárodní smlouvě vůbec, a nikoliv jen o jejích jednotlivých ustanoveních, není tedy ve vztahu k břemenu tvrzení (navrhovatele) - a se zřetelem ke shora uvedené argumentaci obsažené v citovaném nálezu - nepřekonatelná, ale je nutno ji v takto vyloženém smyslu interpretovat.